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無頜總綱 Agnatha（并系群）

†昆明鱼目 Myllokunmingiida?
- †昆明鱼科 Myllokunmingiidae
圆口纲 Cyclostomata
- 七鳃鳗亚纲 Petromyzonida
  - †科 Hardistiellidae
  - †科 Mayomyzonidae
  - †科 Pipisciidae
  - †普利斯鳗属 Priscomyzon
  - †中生鳗属 Mesomyzon
  - 七鳃鳗目 Petromyzontiformes
    - 七鳃鳗科 Petromyzontidae
    - 囊口七鳃鳗科 Geotriidae
    - 袋七鳃鳗科 Mordaciidae
- 盲鳗亚纲 Myxini
  - 盲鳗目 Myxiniformes
    - 盲鳗科 Myxinidae
†甲胄鱼类 Ostracoderms
- †鳍甲鱼纲 Pteraspidomorphi
  - †属 Anatolepis
  - †阿兰达甲鱼亚纲 Arandaspida
    - †阿兰达甲鱼科 Arandaspididae
  - †异甲亚纲 Heterostracomorphi
    - †星甲鱼目 Astraspida
    - †目 Eriptychiida
    - †异甲类 Heterostraci
      - †杯甲鱼目 Cyathaspidiformes
        †亚目 Cyathaspidida
        †科 Cyathaspidae
        
        †科 Ctenaspididae
        
        †科 Ariaspidae
        
        †亚目 Amphiaspidida
        †下目 Amphiaspidoidei
        †科 Edaphaspididae
        
        †科 Amphiaspididae
        
        †科 Gabreyaspididae
        
        †科 Olbiaspididae
        
        †下目 Hibernaspidoidei
        †科 Hibernaspididae
        
        †科 Eglonaspididae
        
        †科 Aphataspididae
        
        †下目 Siberiaspidoidei
        †科 Siberiaspididae
        
        †科 Tuxeraspididae
      - †鳍甲鱼目 Pteraspidiformes
        †科 Anchipteraspididae
        
        †总科 Psammosteida
        ?†科 Weigeltaspididae
        
        †科 Psammosteidae
        
        †科 Drepanaspididae
        
        †科 Guerichosteidae
        
        †科 Pycnosteidae
        
        †科 Psammolepididae
        
        †科 Obrucheviidae
        
        †科 "Protopteraspididae"
        
        †鳍甲鱼亚目 Pteraspidoidei
        †鳍甲鱼科 Pteraspididae
        
        †科 Gigantaspididae
        
        †科 Protaspididae
        
        地位未定 incertae sedis
        †属 Palanasaspis
      - †目 Cardipeltida
        †科 Cardipeltidae
      - †目 Lepidaspidida
      - †目 Corvaspidida
      - †目 Tolypelepidida
        †科 Tolypelepididae
      - †目 Tesseraspidida
      - †目 Traquairaspidiformes
        †科 Traquairaspididae
- †花鳞鱼纲 Thelodonti
  - †科 Oeseliidae
  - †花鳞鱼目 Thelodontiformes
    - †科 Coelolepidae
    - †科 Eestilepididae
    - †科 Helenolepididae
    - †科 Loganelliidae
    - †科 Longodidae
    - †科 Palaeodontidae
    - †科 Phlebolepididae
    - †科 Shieliidae
    - †科 Talivaliidae
    - †都灵鱼科 Turiniidae
  - †叉尾花鳞鱼目 Furcacaudiformes
    - †科 Apalolepididae
    - †科 Barlowodidae
    - †科 Drepanolepididae
    - †叉尾花鳞鱼科 Furcacaudidae
    - †椎鳞鱼科 Lanarkiidae
    - †尼考里维鱼科 Nikoliviidae
    - †科 Pezopallichthyidae
  - †目 Archipelepidiformes
    - †科 Archipelepididae
    - †科 Boothialepididae
- †缺甲鱼纲 Anaspida
  - †Endeiolepidiformes
    - †Endeiolepididae
  - †长鳞鱼目 Birkeniiformes
    - †科 Pharyngolepididae
    - †科 Pterygolepididae
    - †科 Rhyncholepididae
    - †科 Tahulalepididae
    - †科 Lasaniidae
    - †科 Ramsaasalepididae
    - †长鳞鱼科 Birkeniidae
    - †科 Septentrioniidae
- †盔甲鱼纲 Galeaspida
  - †汉阳鱼科 Hanyangaspididae
  - †修水鱼科 Xiushuiaspididae
  - †大庸鱼科 Dayongaspididae
  - †真盔甲鱼目 Eugaleaspidiformes
    - †盾鱼属 Dunyu
    - †曙鱼属 Shuyu
    - †土家鱼属 Tujiaaspis
      - †灵动土家鱼Tujiaaspis vividus
    - †科 Tridensaspididae
    - †中华盔甲鱼科 Sinogaleaspididae
    - †真盔甲鱼科 Eugaleaspididae
  - †多鳃鱼总目 Polybranchiaspidida
    - †昭通鱼科 Zhaotongaspididae
    - †多鳃鱼目 Polybranchiaspidiformes
      - †古木鱼科 Gumuaspididae
      - †秀甲鱼科 Geraspididae
      - †五窗鱼科 Pentathyraspididae
      - †都匀鱼科 Duyunolepididae
      - †科 Hyperaspididae
      - †多鳃鱼科 Polybranchiaspididae
    - †华南鱼目 Huananaspidiformes
      - †三歧鱼科 Sanqiaspididae
      - †三岔鱼科 Sanchaspididae
      - †鸭吻鱼科 Gantarostraspididae
      - †华南鱼科 Huananaspidae
        †大窗鱼亚科 Macrothyraspinae
- †茄甲鱼纲 Pituriaspida
  - †茄甲鱼属 Pituriaspis
  - †尼亚巴鱼属 Neeyambaspis
- †骨甲鱼纲 Osteostraci
  - †目 Atelaspidiformes
    - †科 Ateleaspididae
  - †目 Cephalaspidida
    - †科 Cephalaspidae
  - †禅甲鱼目 Zenaspidida
    - †对称天国鱼科 Parameteoraspididae
    - †禅甲鱼科 Zenaspididae
  - †目 Benneviaspidida
    - †科 Boreaspididae
  - †目 Thyestiida
    - †科 Tannuaspididae
    - †科 Thyestiidae
    - †萌甲鱼科 Tremataspididae
- 有颔类 Gnathostomata

有颌下门 Gnathostomata

†盾皮鱼纲 Placodermi

†史天秀鱼目 Stensioella
- †史天秀鱼科 Stensioellidae
†假瓣甲鱼目 Pseudopetalichthyida
- †假瓣甲鱼科 Paraplesiobatidae
†布林达贝拉鱼目 Brindabellaspis
†棘胸鱼目 Acanthothoraci（并系群）
- †科 Weejasperaspididae
- †科 Hagiangellidae
- †古棘甲鱼科 Palaeacanthaspidae（并系群）
†硬鲛目 Rhenanida
- †星骨鱼科 Asterosteidae
†胴甲鱼目 Antiarchi
- †中华鱼科 Sinolepidae
- †云南鱼类 Yunnanolepiformes
  - †云南鱼科 Yunnanolepididae
  - †曲靖鱼科 Chuchinolepidae
- †真胴甲鱼类 Euantiarcha
  - †星鳞鱼亚目 Asterolepidoidei
    - †星鳞鱼科 Asterolepidae
    - †格尔达鳞鱼科 Gerdalepidae
    - †帕布鳞鱼科 Pambulaspidae
  - †沟鳞鱼亚目 Bothriolepidoidei
    - †沟鳞鱼科 Bothriolepididae
    - †江西鱼科 Jiangxilepididae
    - †小肢鱼科 Microbrachiidae
†瓣甲鱼目 Macropetalichthyida
- †瓣甲鱼科 Macropetalichthyidae
- †拟瓣甲鱼科 Quasipetalichthyidae
†褶齿鱼目 Ptyctodontida
- †褶齿鱼科 Ptyctodontidae
†节颈鱼目 Arthrodira
- †辐纹鱼亚目 Actinolepidoidei（并系群）
  - †辐纹鱼科 Actinolepidae（并系群）
  - †科 Antarctaspidae（并系群）
  - †叶鳞鱼目 Phyllolepida
    - †叶鳞鱼科 Phyllolepididae
    - †科 Gavinaspididae
  - †乌塔古纳鱼科 Wuttagoonaspidae
- †菲里克特鱼亚目 Phlyctaenioidei（并系群）
  - †菲里克特鱼科 Phlyctaenididae
  - †科 Arctaspididae
  - †科 Arctolepididae
  - †戈尔兰鱼科 Groenlandaspididae
  - †威氏鱼科 Williamsaspididae
- †短胸鱼亚目 Brachythoraci
  - †异骨鱼科 Heterostiidae
  - †科 Holonematidae
  - †等骨鱼科 Homosteidae
  - †巴坎鱼科 Buchanosteidae
  - †真短胸鱼类 Eubrachythoraci
    - †粒骨鱼类 Coccosteomorphi
      - †科 Camuropiscidae
      - †粒骨鱼科 Coccosteidae
      - †科 Incisoscutidae
      - †科 Plourdosteidae
      - †托罗鱼科 Torosteidae
    - †厚甲鱼类 Pachyosteomorphi
      - †科 Brachydeiridae
      - †薄骨鱼科 Leptosteidae
      - †科 Rachiosteidae
      - †演化支 Aspinothoracidi
        †科 Bungartiidae
        
        †恐鱼科 Dinichthyidae
        
        †厚颌鱼科 Hadrosteidae
        
        †科 Leiosteidae
        
        †科 Mylostomatidae
        
        †月骨鱼科 Selenosteidae
        
        †霸鱼科 Titanichthyidae
      - †邓氏鱼总科 Dunkleosteoidea
        †盘溪鱼科 Panxiosteidae
        
        †邓氏鱼科 Dunkleosteidae
秀山鱼属 Xiushanosteus
- 奇迹秀山鱼 Xiushanosteus mirabilis

软骨鱼纲 Chondrichthyes

†棘鱼纲 Acanthodii（并系群）
- †栅棘鱼目 Climatiiformes
  - †栅棘鱼亚目 Climatiida
    - †巨棘鱼科 Gyracanthidae
    - †栅棘鱼科 Climatiidae
      - †栅棘鱼属 Climatius
      - †梵净山鱼属 Fanjingshania
        †复兴梵净山鱼 Fanjingshania renovata
- †双棘鱼目 Diplacanthiformes
  - †科 Gladiobranchidae
  - †双棘鱼科 Diplacanthidae
  - †科 Culmacanthidae
  - †科 Tetanopsyridae
- †锉棘鱼目 Ischnacanthiformes
  - †枝棘鱼属 Xylacanthus
  - †锉棘鱼科 Ischnacanthidae
  - †多棘鱼科 Poracanthidae
- †棘鱼目 Acanthodiformes
  - †棘鱼科 Acanthodidae
  - †掌棘鱼科 Cheiracanthidae
  - †豪伊特棘鱼科 Howittacanthidae
  - †中棘鱼科 Mesacanthidae
软骨鱼纲 Chondrichthyes
- 黔齿鱼属 Qianodus
  - 双列黔齿鱼 Qianodus duplicis
- 板鳃亚纲 Elasmobranchii
  - †?蒙古魚目 Mongolepidida
  - †近鲨属 Plesioselachus
  - †南极鼠鲨属 Antarctilamna
  - †似扁鲨目 Squatinactiformes
  - †原尖齿鲨目 Protacrodontiformes
  - †异棘鲨下纲 Xenacanthimorpha
    - †异棘鲨目 Xenacanthiformes
      - 未定属 incertae sedis
        †无齿棘鲨属 Anodontacanthus
        
        †提基齿鲨属 Tikiodontus
      - †双梁鲨科 Diplodoselachidae
      - †垂棘鲨科 Orthacanthidae
      - †异棘鲨科 Xenacanthidae
  - 鲨鳐下纲 Euselachii
    - †栉棘鲨目 Ctenacanthiformes
      - †属 Acandylacanthus
      - †属 Arauzia
      - †栉棘鲨超科 Ctenacanthoidea
        †星褶鲨属 Asteroptychius
        
        †长吻鲨科 Bandringidae
        
        †卡林棘鲨属 Carinacanthus
        
        †属 Pyknotylacanthus
        
        †菱棘鲨属 Rhombacanthus
        
        †塔姆鲨科 Tamiobatidae
        
        †窝鲨属 Wodnika
        
        †栉棘鲨科 Ctenacanthidae
      - †科 Heslerodidae
      - †古氏鲨属 Goodrichthys
      - †凯贝伯猎手鲨属 Kaibabvenator
      - †莫亚棘鲨属 Moyacanthus
      - †侏剑鲨属 Nanoskalme
      - †新萨维齿鲨属 Neosaivodus
      - †属 Pororhiza
      - †萨维齿鲨属 Saivodus
    - †亮齿鲨目 Phoebodontiformes
      - †属 Jalodus
      - †亮齿鲨科 Phoebodontidae
    - †弓鲛目 Hybodontiformes
      - †北极棘鲨属 Arctacanthus
      - †属 Dolophonodus
      - †属 Hamatus
      - †三锋鲛属 Tristychius
      - †蹄棘鲨属 Hopleacanthus
      - †指鳍鲨属 Onychoselache
      - †弓鲛超科 Hybodontoidea
        †属 Steinbachodus
        
        †平齿鲨科 Homalodontidae
        
        †无尖齿鱼科 Acrodontidae
        
        †弓鲛科 Hybodontidae
        
        †矛鲛科 Lonchidiidae
        
        †多尖齿鱼科 Polyacrodontidae
        
        †?皱齿鲨科 Ptychodontidae
    - 新鲨类 Neoselachii
      - †?异时鲨科 Anachronistidae
      - †连齿鲨目 Synechodontiformes
        未定属 Incertae sedis
        †属 Rhomphaiodon
        
        †属 Mucrovenator
        
        †属 Safrodus
        
        †属 Polyfaciodus
        
        †楔齿鲨科 Orthacodontidae
        
        †古棘鲨科 Palaeospinacidae
        
        †伪南喙哈那鲨科 Pseudonotidanidae
        
        †副楔齿鲨科 Paraorthacodontidae
      - 鲨总目 Selachimorpha
        六鳃鲨目 Hexanchiformes
        六鳃鲨科 Hexanchidae
        
        皱鳃鲨科 Chlamydoselachidae
        
        †科 Crassonotidae
        
        ?†马克默多鲨科 Mcmurdodontidae
        
        虎鲨目 Heterodontiformes
        虎鲨科 Heterodontidae
        
        鬚鮫目 Orectolobiformes
        喉须鲛科 Parascylliidae
        
        鲸鲨科 Rhincodontidae
        
        须鲨科 Orectolobidae
        
        天竺鲨科 Hemiscylliidae
        
        绞口鲨科 Ginglymostomatidae
        
        豹纹鲨科 Stegostomatidae
        
        长须鲨科 Brachaeluridae
        
        鼠鲨目 Lamniformes
        长尾鲨科 Alopiidae
        
        象鲛科 Cetorhinidae
        
        鼠鲨科 Lamnidae
        
        剑吻鲨科 Mitsukurinidae
        
        巨口鲨科 Megachasmdae
        
        锥齿鲨科 Odontaspididae
        
        糙齿鲨科 Pseudicarchariidae
        
        †鹰鼠鲨科 Aquilolamnidae
        
        †阿纳渡鸦鲨科 Anacoracidae
        
        †始鼠鲨科 Eoptolamnidae（并系群）
        
        †加勒比鲨科 Cardabiodontidae
        
        †白堊尖吻鯊科 Cretoxyrhinidae
        
        †耳齿鲨科 Otodontidae
        
        †拟铲吻鲨科 Pseudoscapanorhynchidae
        
        真鲨目 Carcharhiniformes
        真鲨科 Carcharhinidae
        
        皱唇鲨科 Triakidae
        
        双髻鲨科 Sphyrnidae
        
        猫鲨科 Scyliorhinidae
        
        拟皱唇鲨科 Pseudotriakidae
        
        原鲨科 Proscylliidae
        
        沙条鲛科 Hemigaleidae
        
        鬚狗鮫科 Leptochariidae
        
        角鲨目 Squaliformes
        笠鳞鲛科 Echinorhinidae
        
        棘鲛科 Squalidae
        
        尖鳍鲛科 Centrophoridae
        
        灯笼棘鲛科 Etmopteridae
        
        梦棘鲛科 Somniosidae
        
        粗皮棘鲛科 Oxynotidae
        
        黑棘鲛科 Dalatiidae
        
        扁鲨目 Squatiniformes
        扁鲨科 Squatinidae
        
        锯鲨目 Pristiophoriformes
        锯鲨科 Pristiophoridae
        
        †原棘鲨目 Protospinaciformes
      - 鳐总目 Batoidea
        †化石鳐目 Apolithabatiformes
        †史帕斯鳐科 Spathobatidae
        
        鳐目 Rajiformes
        鳐科 Rajidae
        
        无鳍鳐科 Anacanthobatidae
        
        单鳍鳐科 Arhynchobatidae
        
        吞鳐科 Gurgesiellidae
        
        †硬吻鳐亚目 Sclerorhynchoidei
        †硬吻鳐科 Sclerorhynchidae
        
        †褶鳐科 Ptychotrygonidae
        
        †髋锯鳐科 Ischyrhizidae
        
        †帆锯鳐科 Onchopristidae
        
        †裂根鳐科 Schizorhizidae
        
        电鳐目 Torpediniformes
        澳洲睡电鳐科 Hypnidae
        
        双鳍电鳐科 Narcinidae
        
        单鳍电鳐科 Narkidae
        
        电鳐科 Torpedinidae
        
        犁头鳐目 Rhinopristiformes
        犁头鳐科 Rhinobatidae
        
        蓝吻犁头鳐科 Glaucostegidae
        
        圆犁头鳐科 Rhinidae
        
        南犁头鳐科 Trygonorrhinidae
        
        锯鳐科 Pristidae
        
        ?团扇鳐科 Platyrhinidae
        
        ?梳板鳐科 Zanobatidae
        
        燕魟目 Myliobatiformes
        ?团扇鳐亚目 Platyrhinoidei
        ?团扇鳐科 Platyrhinidae
        
        ?梳板鳐亚目 Zanobatoidei
        ?梳板鳐科 Zanobatidae
        
        燕魟亚目 Myliobatoidei
        六鳃魟总科 Hexatrygonoidea
        六鳃魟科 Hexatrygonidae
        
        扁魟总科 Hexatrygonoidea
        近魟科 Plesiobatidae
        
        扁魟科 Urolophidae
        
        巨尾魟总科 Urotrygonoidea
        巨尾魟科 Urotrygonidae
        
        魟总科 Dasyatoidea
        魟科 Dasyatidae
        
        江魟科 Potamotrygonidae
        
        燕魟科 Gymnuridae
        
        鲼科 Myliobatidae
        
        蝠鲼科 Mobulidae
        
        鹞鲼科 Aetobatidae
        
        牛鼻鲼科 Rhinopteridae
- 全头亚纲 Holocephali
  - †西莫利鲨目 Symmoriida
    - †杜依卡鲨属 Dwykaselachus
    - †属 Ferromirum
    - †卡乌鲨属 Kawichthys
    - †西莫利鲨科 Symmoriidae
    - †胸脊鲨科 Stethacanthidae
    - †镰鳍鲨科 Falcatidae
    - †裂口鲨科 Cladoselachidae
  - †伪鲛总目 Paraselachimorpha
    - †口鲨目 Orodontiformes
      - †口鲨科 Orodontidae
    - †瓣齿鲨目 Petalodontiformes
      - †朱那鲛科 Janassidae
      - †扁齿鲛科 Pristodontidae
      - †瓣齿鲨科 Petalodontidae
      - †贝兰特希鲛科 Belantseidae
    - †单疣鲛目 Helodontiformes
      - †单疣鲛科 Helodontidae
    - †枕鳍鲨目 Iniopterygiformes
      - †西布长吻鲛科 Sibyrhinchidae
      - †枕鳍鲨科 Iniopterygidae
    - †戴尔比斯鲨目 Debeeriiformes
      - †戴尔比斯鲨科 Debeeriidae
    - †尤金齿目 Eugeneodontida
      - †剪齿鲨总科 Edestoidea
        †旋齿鲨科 Edestidae
        
        †剪齿鲨科 Helicoprionidae
      - †卡士尼鲨总科 Caseodontoidea
        †坎普鲨属 Campodus
        
        †属 Chiastodus
        
        †卡士尼鲨科 Caseodontidae
        
        †尤金齿鲨科 Eugeneodontidae
  - 全头总目 Holocephalimorpha
    - †砂齿鲨目 Psammodontiformes
      - †砂齿鲨科 Psammodontidae
    - †寇氏鲨目 Copodontiformes
      - †寇氏鲨科 Copodontidae
    - †似鲛目 Squalorajiformes
      - †似鲛科 Squalorajidae
    - †软鳝鲛目 Chondrenchelyiformes
      - †软鳝鲛科 Chondrenchelyidae
    - †颊甲鲛目 Menaspiformes
      - †三角褶鲛科 Deltoptychiidae
      - †颊甲鲛科 Menaspidae
      - †特拉奎尔鲛科 Traquairiidae
    - †壳齿鲛目 Cochliodontiformes
      - †科 Psephodontidae
      - †壳齿鲛科 Cochliodontidae
    - 银鲛目 Chimaeriformes
      - †棘托银鲛亚目 Echinochimaeroidei
        †棘托银鲛科 Echinochimaeridae
      - †多棘鲛亚目
        †多棘鲛科 Myriacanthidae
        
        †科 Chimaeropsidae
      - †原银鲛亚目 Protochimaeroidei
        †原银鲛科 Protochimaeridae
      - 短鼻银鲛亚目 Chimaeroidei
        †属 Eomanodon
        
        叶吻银鲛总科 Callorhynchoidea (Callorhinchoidea)
        叶吻银鲛科 Callorhynchidae
        
        短鼻银鲛总科 Chimaeroidea
        短鼻银鲛科 Chimaeridae
        
        长吻银鲛科 Rhinochimaeridae

硬骨鱼总纲 Osteichthyes

辐鳍鱼纲 Actinopterygii
- ?†阿萨罗鱼目 Asarotiformes
- ?†目 Discordichthyiformes
- ?†目 Paphosisciformes
- ?†目 Scanilepiformes
- †鳕鳞鱼目 Cheirolepiformes
- †目 Paramblypteriformes
- †目 Rhadinichthyiformes
- †古鳕目 Palaeonisciformes
  - †古鳕科 Palaeoniscidae
  - 地位未定 incertae sedis（曾一度被归为古鳕目）
    - †科 Acropholidae
    - †科 Atherstoniidae
    - †巴西鱼科 Brazilichthyidae
    - †中鳞鱼科 Centrolepididae
    - †粒鳞鱼科 Coccolepididae
    - †科 Commentryidae
    - †科 Cryphiolepididae
    - †杜依卡鱼科 Dwykiidae
    - †科 Holuridae
    - †伊戈恩鱼科 Igornichthyidae
    - †科 Irajapintoseidae
    - †科 Monesedeiphidae
    - †科 Rhabdolepididae
    - †科 Stegotrachelidae
    - †科 Thrissonotidae
    - †科 Tienshaniscidae
    - †科 Turseodontidae
    - †科 Uighuroniscidae
    - †科 Urosthenidae
- †鳗鳕目 Tarrasiiformes
  - †鳗鳕科 Tarrasiidae
- †褶鳞鱼目 Ptycholepiformes
  - †锥体鱼科 Boreosomidae
  - †重庆鱼科 Chungkingichthyidae
  - †褶鳞鱼科 Ptycholepididae
- †雷氏鱼目 Redfieldiiformes
  - †属 Atopocephala
  - †属 Brookvalia
  - †属 Calaichthys
  - †乔恩鱼属 Cionichthys
  - †属 Daedalichthys
  - †?登伍德鱼属 Denwoodichthys
  - †属 Dictyopyge
  - †?属 Endemichthys
  - †属 Geitonichthys
  - †属 Helichthys
  - †雷氏鱼属 Hiascoactinus
  - †硬鳞鱼属 Ischnolepis
  - †拉萨尔鱼属 Lasalichthys
  - †?雷氏鱼属 Leighiscus
  - †毛里塔鱼属 Mauritanichthys
  - †钼鱼属 Molybdichthys
  - †?帕科尔鱼属 Pacorichthys
  - †属 Phlyctaenichthys
  - †雷氏鱼属 Redfieldius
  - †?萨卡曼鱼属 Sakamenichthys
  - †裂网鱼属 Schizurichthys
  - †?新疆鱼属 Sinkiangichthys (疑难名)
  - †?属 Synorichthys
- †疏鳍鱼目 Haplolepidiformes
- †目 Aeduelliformes
  - †科 Aeduellidae
- †扁体鱼目 Platysomiformes
  - †宁夏扁体鱼属 Ningxiaplatysomus
  - †扁体鱼科 Platysomidae
- †古鲳目 Bobasatraniiformes
  - †古鲳科 Bobasatraniidae
  - †枪鳍鱼科 Dorypteridae
- †目 Eurynotiformes
- 腕鳍亚纲 Cladistia
  - †吉尔戴鱼目 Guildayichthyiformes
    - †吉尔戴鱼科 Guildayichthyidae
  - 多鳍鱼目 Polypteriformes
    - 多鳍鱼科 Polypteridae
- 演化支 Actinopteri
  - †目 Elonichthyiformes
  - †显吻鱼目 Phanerorhynchiformes
  - †龙鱼目 Saurichthyiformes
    - †夜郎鱼科 Yelangichthyidae
    - †龙鱼科 Saurichthyidae
  - 軟骨硬鱗亞綱 Chondrostei
    - †比耶鱼目 Birgeriiformes
      - †比耶鱼科 Birgeriidae
    - 鲟形目 Acipenseriformes
      - †属 Hesperopsephurus
      - †新查拉鱼属 Neochallaia
      - †拟白鲟属 Psephuroides
      - †迷鲟科 Errolichthyidae
      - †?软骨硬鳞亚目 Chondrosteoidei
        †?软骨硬鳞鱼科 Chondrosteidae
      - †北票鲟亚目 Peipiaosteoidei
        †北票鲟科 Peipiaosteidae
        †属 Gualolepis
        
        †蝶鲟亚科 Spherosteinae
        
        †北票鲟亚科 Peipiaosteinae
      - 鲟亚目 Acipenseroidei
        匙吻鲟科 Polyodontidae
        †原白鲟亚科 Protopsephurinae
        
        †古白鲟亚科 Paleopsephurinae
        
        匙吻鲟亚科 Polyodontinae
        
        鲟科 Acipenseridae
        †属 Dinectus
        
        †原铲鲟属 Protoscaphirhynchus
        
        鲟亚科 Acipenserinae
        
        铲鲟亚科 Scaphirhynchinae
        
        †扁鲟亚科 Priscosturioninae
  - 新鳍亚纲 Neopterygii
    - †侧鳞鱼目 Pholidopleuriformes
      - †侧鳞鱼科 Pholidopleuridae
    - †肋鳞鱼目 Peltopleuriformes
      - †肋鳞鱼科 Peltopleuridae
      - †胸鳍鱼科 Thoracopteridae
    - †裂齿鱼目 Perleidiformes
      - †匙鳞鱼科 Cleithrolepididae
      - †头异鱼亚目 Cephaloxenoidei
        †头异鱼科 Cephaloxenidae
      - †裂齿鱼亚目 Perleidoidei
        †科 Polzbergiidae
        
        †科 Gabanellidae
        
        †异齿鱼科 Aethodontidae
        
        †科 Colobodontidae
        
        †科 Pseudobeaconiidae
        
        †裂齿鱼科 Perleididae
    - †目 Platysiagiformes
      - †科 Platysiagidae
    - †硬齿鱼目 Pycnodontiformes
      - ?†属 Acrorhinichthys
      - ?†古硬齿鱼属 Archaeopycnodon
      - ?†属 Athrodon
      - ?†属 Callodus
      - ?†属 Cosmodus
      - ?†属 Ellipsodus
      - ?†钩齿鱼属 Grypodon
      - ?†属 Mercediella
      - ?†噬中齿鱼属 Piranhamesodon
      - ?†伪硬齿鱼属 Pseudopycnodus
      - ?†属 Tergestinia
      - ?†属 Thurmondella
      - ?†属 Uranoplosus
      - ?†属 Woodthropea
      - ?†科 Hadrodontidae
      - ?†科 Gebrayelichthyidae
      - ?†科 Gladiopycnodontidae
      - †属 Paramesturus
      - †小硬齿鱼属 Micropycnodon
      - †属 Arduafrons
      - †始中齿鱼属 Eomesodon
      - †拟锯脂鲤科 Serrasalmimidae
      - †科 Mesturidae
      - †环角鱼科 Gyrodontidae
      - †布伦德齿鱼科 Brembodontidae
      - †压齿鱼科 Coccodontidae
      - †硬齿鱼科 Pycnodontidae
    - †卢加诺鱼目 Luganoiiformes
      - †卢加诺鱼科 Luganoiidae
    - 全骨下纲 Holostei
      - 近鲱形类 Halecomorphi
        †副半椎鱼目 Parasemionotiformes
        †裴氏鱼属 Peia
        
        †副半椎鱼科 Parasemionidae
        
        †科 Promecosominidae
        
        †盘县鱼目 Panxianichthyiformes
        †盘县鱼科 Panxianichthyidae
        
        †预言鱼目 Ionoscopiformes
        †亚洲鳞齿鱼属 Asialepidotus
        
        †属 Placidichthys
        
        †属 Subortichthys
        
        †科 Ophiopsidae
        
        †预言鱼科 Ionoscopidae
        
        †科 Oshuniidae
        
        弓鳍鱼目 Amiiformes
        †贵州弓鳍鱼属 Guizhouamia
        
        †斯特莫弓鳍鱼属 Stromerichthys
        
        †金尾鱼总科 Caturoidea
        †科 Liodesmidae
        
        †金尾鱼科 Caturidae
        
        弓鳍鱼总科 Amioidea
        ?†属 Amiidarum
        
        ?†费尔干纳弓鳍鱼属 Ferganamia
        
        ?†雷曼弓鳍鱼属 Lehmanamia
        
        †中华弓鳍鱼科 Sinamiidae
        
        弓鳍鱼科 Amiidae
        弓鳍鱼亚科 Amiinae
        
        †亚科 Amiopsinae
        
        †索伦霍芬弓鳍鱼亚科 Solnhofenamiinae
        
        †维氏弓鳍鱼亚科 Vidalamiinae
      - 铰齿鱼类 Ginglymodi
        †提契诺鳞鱼属 Ticinolepis
        
        †圣乔治鱼属 Sangiorgioichthys
        
        †?平齿鱼目 Dapediiformes
        †平齿鱼科 Dapediidae
        
        †拱鱼目 Kyphosichthyiformes
        †腊山鱼科 Lashanichthyidae
        
        †拱鱼科 Kyphosichthyidae
        
        新铰齿鱼类 Neoginglymodi
        †半椎鱼目 Semionotiformes
        ?†属 Orthurus
        
        †属 Aphanepygus
        
        †侧鳞鱼科 Pleurolepididae
        
        ?†巨半椎鱼科 Macrosemiidae
        
        †半椎鱼科 Semionotidae
        
        †科 Callipurbeckiidae
        
        雀鳝目 Lepisosteiformes
        †北渡鱼属 Beiduyu
        
        †阿德里亚娜鱼属 Adrianaichthys
        
        †呵叻鱼属 Khoratichthys
        
        †澜沧鱼属 Lanxangichthys
        
        †新半椎鱼属 Neoseminotus
        
        †鳞齿鱼科 Lepidotidae
        
        雀鳝亚目 Lepisosteoidei
        †阿拉里佩雀鳝属 Araripelepidotes
        
        †泰雀鳝属 Thaiichthys
        
        †属 Pliodetes
        
        雀鳝总科 Lepisosteoidea
        雀鳝科 Lepisosteidae
        
        †奥巴鱼科 Obaichthyidae
    - 真骨形类 Teleosteomorpha
      - †目 Prohaleciteiformes
        †科 Prohaleciteidae
      - †针吻鱼目 Aspidorhynchiformes
        †针吻鱼科 Aspidorhynchidae
      - †厚茎鱼目 Pachycormiformes
        †古腊鱼科 Archaeomaenidae
        
        †昆瓦拉鱼科 Koonwarriidae
        
        †厚茎鱼科 Pachycormidae
      - 真骨下纲 Teleostei
        ?†阿勒莱皮鳜目 Araripichthyiformes
        †阿勒莱皮鳜科 Araripichthyidae
        
        ?†目 Ligulelliiformes
        
        ?†塞纳命运鱼目 Tselfatiiformes
        †始满齿鱼科 Eoplethodidae
        
        †满齿鱼科 Plethodidae
        
        †始乌鲂科 Protobramidae
        
        †叉鳞鱼目 Pholidophoriformes
        †叉鳞鱼科 Pholidophoridae
        
        †目 Dorsetichthyiformes
        †科 Dorsetichthyidae
        
        †薄鳞鱼目 Leptolepidiformes
        
        †叉颌鱼目 Crossognathiformes
        †叉颌鱼亚目 Crossognathoidei
        †叉颌鱼科 Crossognathidae
        
        †厚根齿鱼亚目 Pachyrhizodontoidei
        †诺特鱼科 Notelopidae
        
        †科 Raphiosauridae
        
        †厚根齿鱼科 Pachyrhizodontidae
        
        †乞丐鱼目 Ichthyodectiformes
        †乞丐鱼亚目 Ichthyodectoidei
        †乞丐鱼科 Ichthyodectidae
        
        †楚雄鱼科 Chuhsiungichthyidae
        
        †异梭鳀科 Allothrissopidae
        
        海鲢高群 Elopocephalai
        海鲢目 Elopiformes
        †阿纳鱼科 Anaethaliidae
        
        海鲢亚目 Elopoidei
        †原海鲢科 Protelopidae
        
        海鲢科 Elopidae
        
        大眼海鲢科 Megalopidae
        
        北梭鱼目 Albuliformes
        †叶齿鱼科 Phyllodontidae
        
        北梭鱼科 Albulidae
        长背鱼亚科 Pterothrissinae
        
        背棘鱼目 Notacanthiformes
        海蜥鱼科 Halosauridae
        
        背棘鱼科 Notacanthidae
        
        鳗鲡目 Anguilliformes
        原鳗鲡亚目 Protanguilloidei
        原鳗鲡科 Protanguillidae
        
        通鳃鳗亚目 Synaphobranchoidei
        通鳃鳗科 Synaphobranchidae
        
        鯙亚目 Muraenoidei
        异蝮鯙科 Heterenchelyidae
        
        软糯鳗科 Myrocongridae
        
        鯙科 Muraenidae
        海鳝亚科 Muraeninae
        
        尾鳝亚科 Uropteryginae
        
        拟鯙亚目 Chlopsoidei
        拟鯙科 Chlopsidae
        
        康吉鳗亚目 Congroidei
        康吉鳗科 Congridae
        康吉鳗亚科 Congrinae
        
        渊油鳗亚科 Bathymyrinae
        
        异康吉鳗亚科 Heterocongrinae
        
        长颈鳗科 Derichthyidae
        
        海鳗科 Muraenesocidae
        
        鸭嘴鳗科 Nettastomatidae
        
        蛇鳗科 Ophichthidae
        油鳗亚科 Myrophinae
        
        蛇鳗亚科 Ophichthinae
        
        倭糯鳗科 Colocongridae
        
        蚓鳗亚目 Moringuoidei
        蚓鳗科 Moringuidae
        
        鳗鲡亚目 Anguilloidei
        鳗鲡科 Anguillidae
        
        线鳗科 Nemichthyidae
        
        锯锄鳗科 Serrivomeridae
        
        囊鳃鳗亚目 Saccopharyngoidei
        月尾鳗科 Cyematidae
        
        宽咽鱼科 Eurypharyngidae
        
        单颌鳗科 Monognathidae
        
        囊鳃鳗科 Saccopharyngidae
        
        骨舌鱼高群 Osteoglossocephalai
        骨舌鱼总群 Osteoglossocephala
        †狼鳍鱼目 Lycopteriformes
        †狼鳍鱼科 Lycopteridae
        
        月眼鱼目 Hiodontiformes
        月眼鱼科 Hiodontidae
        
        骨舌鱼目 Osteoglossiformes
        齿蝶鱼亚目 Pantodontoidei
        齿蝶鱼科 Pantodontidae
        
        骨舌鱼亚目 Osteoglossoidei
        巴西骨舌鱼科 Arapaimidae
        
        骨舌鱼科 Osteoglossidae
        
        †科 Singidididae
        
        †科 Phareodontidae
        
        弓背鱼亚目 Notopteroidei
        †科 Ostariostomidae
        
        †基帕拉鱼科 Kipalaichthyidae
        
        †瓦金鱼科 Wakinoichthyidae
        
        弓背鱼科 Notopteridae
        光背鱼亚科 Xenomystinae
        
        弓背鱼亚科 Notopterinae
        
        象鼻鱼总科 Mormyroidea
        裸臀鱼科 Gymnarchidae
        
        象鼻鱼科 Mormyridae
        长颌鱼亚科 Mormyrinae
        
        岩头长颌鱼亚科 Petrocephalinae
        
        鲱头鱼总群 Clupeocephala
        骨鲱群 Otomorpha
        鲱形亚群 Clupei
        †埃笠姆鲱目 Ellimmichthyiformes
        †副鲚鱼科 Paraclupeidae
        
        †科 Armigatidae
        
        鲱形目 Clupeiformes
        齿鲱亚目 Denticipitoidei
        齿头鲱科 Denticipitidae
        
        鲱亚目 Clupeoidei
        鳀科 Engraulidae
        鳀亚科 Engraulinae
        
        鲚亚科 Coiliinae
        
        锯腹鳓科 Pristigasteridae
        
        宝刀鱼科 Chirocentridae
        
        鲱科 Clupeidae
        西鲱亚科 Alosinae
        
        鲱亚科 Clupeinae
        
        真鰶亚科 Dorosomatinae
        
        多棱圆鲱亚科 Ehiravinae
        
        银带鲱科 Spratelloididae
        
        圆腹鲱科 Dussumieriidae
        
        黑头鱼亚群 Alepocephali
        黑头鱼目 Alepocephaliformes
        黑头鱼科 Alepocephalidae
        
        管肩鱼科 Platytroctidae
        
        骨鳔亚群 Ostariophysi
        非耳鳔派 Anotophysa
        †目 Sorbininardiformes
        †科 Sorbininardidae
        
        鼠鱚目 Gonorynchiformes
        鼠鱚亚目 Gonorynchoidei
        †科 Apulichthyidae
        
        鼠鱚科 Gonorynchidae
        
        虱目鱼亚目 Chanoidei
        †属 Aethalinopsis
        
        虱目鱼科 Chanidae
        
        尼罗鱼亚目 Knerioidei
        尼罗鱼科 Kneriidae
        
        坚喉鱼科 Phractolaemidae
        
        耳鳔派 Otophysa
        鲤形目 Cypriniformes
        鲤亚目 Cyprinoidei
        鲤科 Cyprinidae
        鱊亚科 Acheilognathinae
        
        鲤亚科 Cyprininae
        
        (魚丹)亚科 Danioninae
        
        鮈亚科 Gobioninae
        
        ?野鲮亚科 Labeoninae
        
        细须魮亚科 Leptobarbinae
        
        雅罗鱼亚科 Leuciscinae
        
        原鲃亚科 Probarbinae
        
        亚科 Smiliogastrinae
        
        亚科 Tanichthyinae
        
        丁鳜亚科 Tincinae
        
        亚科 Torinae
        
        鲴亚科 Xenocyprinae
        
        鳅亚目 Cobitoidei
        亚口鱼总科 Catostomoidea
        亚口鱼科 Catostomidae
        亚口鱼亚科 Catostominae
        
        长背亚口鱼亚科 Cycleptinae
        
        牛胭脂鱼亚科 Ictiobinae
        
        胭脂鱼亚科 Myxocyprininae
        
        双孔鱼总科 Gyrinocheiloidea
        双孔鱼科 Gyrinocheilidae
        
        鳅总科 Cobitoidea
        颊须鳅科 Barbuccidae
        
        蛇鳅科 Serpenticobitidae
        
        沙鳅科 Botiidae
        
        梵条鳅科 Vaillantellidae
        
        鳅科 Cobitidae
        
        爬鳅科 Balitoridae
        
        腹吸鳅科 Gastromyzontidae
        
        低唇鱼科 Ellopostomatidae
        
        条鳅科 Nemacheilidae
        
        裸吻鱼科 Psilorhynchidae
        
        脂鲤目 Characiformes
        琴脂鲤亚目 Citharinoidei
        二列齿琴脂鲤科 Distichodontidae
        
        琴脂鲤科 Citharinidae
        
        脂鲤亚目 Characoidei
        顶器脂鲤总科 Crenuchoidea
        顶器脂鲤科 Crenuchidae
        溪脂鲤亚科 Characidiinae
        
        锯唇脂鲤亚科 Crenuchinae
        
        鲑脂鲤总科 Alestioidea
        鳡脂鲤科 Hepsetidae
        
        鲑脂鲤科 Alestidae
        
        虎脂鲤总科 Erythrinoidea
        塔河脂鲤科 Tarumaniidae
        
        虎脂鲤科 Erythrinidae
        
        锯脂鲤科 Serrasalmidae
        
        犬齿脂鲤科 Cynodontidae
        露斯塔脂鲤亚科 Roestinae
        
        犬齿脂鲤亚科 Cynodontinae
        
        半齿脂鲤科 Hemiodontidae
        
        下口半脂鲤科 Parodontidae
        
        原唇齿脂鲤科 Prochilodontidae
        
        唇齿脂鲤科 Chilodontidae
        
        无齿脂鲤科 Curimatidae
        
        上口脂鲤科 Anostomidae
        
        脂鲤总科 Characoidea
        魣脂鲤科 Ctenoluciidae
        
        鳉脂鲤科 Lebiasinidae
        
        大鳞脂鲤科 Chalceidae
        
        蜥形脂鲤科 Iguanodectidae
        
        狼牙脂鲤科 Acestrorhynchidae
        
        石斧脂鲤科 Triporthidae
        
        石脂鲤科 Bryconidae
        
        胸斧鱼科 Gasteropelecidae
        
        脂鲤科 Characidae
        细脂鲤亚科 Aphyocharacinae
        
        纹吸鱼亚科 Aphyoditeinae
        
        石脂鲤亚科 Bryconinae
        
        桂脂鲤亚科 Characinae
        
        宝莲灯鱼亚科 Cheirodontinae
        
        裸脂鲤亚科 Gymnocharacinae
        
        蜥形脂鲤亚科 Iguanodectinae
        
        玫瑰脂鲤亚科 Rhoadsiinae
        
        小脂鲤亚科 Salmininae
        
        锯胸脂鲤亚科 Stethaprioninae
        
        亚科 Stevardiinae
        
        大眼脂鲤亚科 Tetragonopterinae
        
        电鳗目 Gymnotiformes
        裸背电鳗亚目 Gymnotoidei
        裸背电鳗科 Gymnotidae
        
        线鳍电鳗亚目 Sternopygoidei
        大吻电鳗总科 Rhamphichthyoidea
        大吻电鳗科 Rhamphichthyidae
        
        短吻电鳗科 Hypopomidae
        
        线翎电鳗总科 Apteronotoidea
        线鳍电鳗科 Sternopygidae
        
        线翎电鳗科 Apteronotidae
        
        鲇形目 Siluriformes
        †安第斯鲶科 Andinichthyidae
        
        甲鯰亚目 Loricaroidei
        丝鼻鯰科 Nematogenyidae
        
        毛鼻鯰科 Trichomycteridae
        桨齿鯰亚科 Copionodontinae
        
        鳗形腺鳍鯰亚科 Glanapteryginae
        
        肉鼻鯰亚科 Sarcoglanidinae
        
        喜盖鯰亚科 Stegophilinae
        
        鼻须鯰亚科 Trichogeninae
        
        毛鼻鯰亚科 Trichomycterinae
        
        叉齿毛鼻鯰亚科 Tridentinae
        
        寄生鯰亚科 Vandelliinae
        
        美鯰科 Callichthyidae
        美鯰亚科 Callichthyinae
        
        兵鯰亚科 Corydoradinae
        
        视星鯰科 Astroblepidae
        
        甲鯰科 Loricariidae
        三角下口鯰亚科 Delturinae
        
        下口蜻鯰亚科 Hypoptopomatinae
        
        下口鯰亚科 Hypostominae
        
        石星鯰亚科 Lithogeneinae
        
        甲鯰亚科 Loricariinae
        
        新吸口鯰亚科 Neoplecostominae
        
        耳孔鲶亚科 Otothyrinae
        
        二须鯰亚目 Diplomystoidei
        二须鯰科 Diplomystidae
        
        †巴赫曼鲶科 Bachmanniidae
        
        鯰亚目 Siluroidei
        †高剑鲶总科 Hypsidoroidea
        †高剑鲶科 Hypsidoridae
        
        鲸形鯰总科 Cetopsoidea
        鲸形鯰科 Cetopsidae
        鲸鯰亚科 Cetopsinae
        
        泽鯰亚科 Helogeneinae
        
        鯰总科 Siluroidea
        鯰科 Siluridae
        
        巨鯰科 Pangasiidae
        
        倒立鯰科 Mochokidae
        
        脂鱨科 Claroteidae
        
        北美鯰总科 Ictaluroidea
        鳗鯰科 Plotosidae
        
        北美鯰科 Ictaluridae
        
        塘虱鱼总科 Clarioidea
        塘虱鱼科 Clariidae
        
        鮡总科 Sisoroidea
        科 Ailiidae
        
        鮡科 Sisoridae
        真鮡亚科 Sisorinae
        
        纹胸鮡亚科 Glyptosterninae
        
        鱨科 Bagridae
        
        骨鮡科 Erethistidae
        
        陶乐鯰总科 Doradoidea
        蝌蚪鯰科 Aspredinidae
        蝌蚪鯰亚科 Aspredininae
        
        丘头鯰亚科 Bunocephalinae
        
        棘鳗鯰亚科 Hoplomyzontinae
        
        陶乐鯰科 Doradidae
        
        项鳍鯰科 Auchenipteridae
        项鳍鯰亚科 Auchenipterinae
        
        棘杆鮠亚科 Centromochlinae
        
        长须鯰总科 Pimelodoidea
        鼬鯰科 Heptapteridae
        
        拟长须鯰科 Pseudopimelodidae
        
        长须鯰科 Pimelodidae
        
        地位未定 incertae sedis
        矮甲鯰科 Scoloplacidae
        
        粒鯰科 Akysidae
        粒鯰亚科 Akysinae
        
        副粒鯰亚科 Parakysinae
        
        鈍頭鮠科 Amblycipitidae
        
        准海鯰科 Anchariidae
        
        海鯰科 Ariidae
        海鯰亚科 Ariinae
        
        雅首海鯰亚科 Galeichthyinae
        
        海鱨亚科 Bagreinae
        
        平鳍鮠科 Amphiliidae
        平鳍鮠亚科 Amphiliinae
        
        细鱨亚科 Leptoglanidinae
        
        杜鳅鯰亚科 Doumeinae
        
        澳岩鱨科 Austroglanididae
        
        连尾鮡科 Chacidae
        
        锥吻鯰属 Conorhynchos
        
        扁头鯰科 Cranoglanididae
        
        囊鰓鯰科 Heteropneustidae
        
        下眼鱨科 Horabagridae
        
        秘鯰科 Kryptoglanidae
        
        石狗鯰科 Lacantuniidae
        
        电鯰科 Malapteruridae
        
        科 Phreatobiidae
        
        属 Rita
        
        北非鯰科 Schilbeidae
        
        正真骨鱼群 Euteleosteomorpha
        鳞南乳鱼亚群 Lepidogalaxii
        鳞南乳鱼目 Lepidogalaxiiformes
        
        原棘鳍亚群 Protacanthopterygii
        水珍鱼目 Argentiniformes
        水珍鱼科 Argentinidae
        
        深海鲑科 Bathylagidae
        
        小口兔鲑科 Microstomatidae
        
        后肛鱼科 Opisthoproctidae
        
        南乳鱼目 Galaxiiformes
        南乳鱼科 Galaxiidae
        
        鲑形目 Salmoniformes
        鲑科 Salmonidae
        白鲑亚科 Coregoninae
        
        茴鱼亚科 Thymallinae
        
        鳟亚科 Salmoninae
        
        狗鱼目 Esociformes
        †古狗鱼科 Palaeoesocidae
        
        狗鱼科 Esocidae
        
        泥狗鱼科 Umbridae
        
        巨口鱼亚群 Stomiati
        胡瓜鱼目 Osmeriformes
        †科 Spaniodontidae
        
        后鳍鱼亚目 Retropinnoidei
        后鳍鱼科 Retropinnidae
        
        胡瓜鱼亚目 Osmeroidei
        胡瓜鱼科 Osmeridae
        
        香鱼科 Plecoglossidae
        
        银鱼科 Salangidae
        
        巨口鱼目 Stomiiformes
        钻光鱼亚目 Gonostomatoidei
        钻光鱼科 Gonostomatidae
        
        巨口鱼亚目 Stomiatoidei
        光器鱼科 Phosichthyidae
        
        褶胸鱼科 Sternoptychidae
        穆氏暗光鱼亚科 Maurolicinae
        
        褶胸鱼亚科 Sternoptychinae
        
        巨口鱼科 Stomiidae
        
        新真骨鱼亚群 Neoteleostei
        辫鱼下群 Ateleopodia
        辫鱼目 Ateleopodiformes
        辫鱼科 Ateleopodidae
        
        宽鳍下群 Eurypterygia
        圆鳞派 Cyclosquamata
        仙女鱼目 Aulopiformes
        帆蜥鱼亚目 Alepisauroidei
        帆蜥鱼科 Alepisauridae
        
        法老鱼科 Anotopteridae
        
        齿口鱼科 Evermannellidae
        
        锤颌鱼科 Omosudidae
        
        魣蜥鱼科 Paralepididae
        
        珠目鱼科 Scopelarchidae
        
        †多椎鱼科 Polymerichthyidae
        
        青眼鱼亚目 Chlorophthalmoidei
        深海似蜥鱼科 Bathysauroididae
        
        深海九棍鱼科 Bathysauropsidae
        
        青眼鱼科 Chlorophthalmidae
        
        炉眼鱼科 Ipnopidae
        
        大鳞蜥鱼科 Notosudidae
        
        †矛齿鱼亚目 Enchodontoidei
        †甘松王鱼属 Nardorex
        
        †塞里鳞鱼属 Serrilepis
        
        †耶卜鲁德鱼属 Yabrudichthys
        
        †迷鳞鱼科 Apateopholidae
        
        †白垩鱼科 Cimolichthyidae
        
        †鲸咽鱼科 Dercetidae
        
        †层齿鱼科 Stratodontidae
        
        †矛齿鱼科 Enchodontidae
        
        †科 Halecidae
        
        †科 Ichthyotringidae
        
        †锯鳞鱼科 Prionolepididae
        
        巨尾鱼亚目 Giganturoidei
        深海蜥鱼科 Bathysauridae
        
        巨尾鱼科 Giganturidae
        
        合齿鱼亚目 Synodontoidei
        仙女鱼科 Aulopidae
        
        副仙女鱼科 Paraulopidae
        
        拟毛背鱼科 Pseudotrichonotidae
        
        合齿鱼科 Synodontidae
        
        栉鳞派 Ctenosquamata
        灯笼鱼亚派 Scopelomorpha
        灯笼鱼目 Myctophiformes
        灯笼鱼科 Myctophidae
        
        新灯笼鱼科 Neoscopelidae
        
        棘鳍亚派 Acanthomorphata
        月鱼类 Lampridacea
        月鱼目 Lampriformes
        †属 Bathysoma
        
        †巴哈鱼属 Bajaichthys
        
        †甘松旗月鱼属 Nardovelifer
        
        †属 Palaeocentrotus
        
        †土庫曼魚科 Turkmenidae
        
        旗月鱼科 Veliferidae
        
        月鱼科 Lamprididae
        
        亚目 Taeniosomi
        冠带鱼科 Lophotidae
        
        异尾带鱼科 Radiicephalidae
        
        粗鳍鱼科 Trachipteridae
        
        皇带鱼科 Regalecidae
        
        须鳂类 Polymixiacea
        †目 Pattersonichthyiformes
        
        †栉棱鳀目 Ctenothrissiformes
        †管鳞鱼科 Aulolepidae
        
        †栉棱鳀科 Ctenothrissidae
        
        须鳂目 Polymixiiformes
        †属 Cumbaaichthys
        
        †科 Boreiohydriidae
        
        †科 Digoriidae
        
        须鳂科 Polymixiidae
        
        副棘鳍类 Paracanthomorphacea
        鲑鲈目 Percopsiformes
        †属 Percopsiformorum
        
        †属 Lateopisciculus
        
        鲑鲈亚目 Percopsoidei
        †科 Libotoniidae
        
        鲑鲈科 Percopsidae
        
        奇肛鲈亚目 Aphredoderoidei
        奇肛鲈科 Aphredoderidae
        
        洞穴鱼科 Amblyopsidae
        
        †楔头鲈目 Sphenocephaliformes
        †楔头鲈科 Sphenocephalidae
        
        海鲂目 Zeiformes
        科 Cyttidae
        
        菱的鲷科 Grammicolepididae
        
        高的鲷科 Oreosomatidae
        
        准的鲷科 Parazenidae
        
        †科 Sorbinipercidae
        
        的鲷科 Zeidae
        
        甲眼的鲷科 Zeniontidae
        
        鞭尾鱼目 Stylephoriformes
        鞭尾鱼科 Stylephoridae
        
        鳕形目 Gadiformes
        海鰗鳅科 Bregmacerotidae
        
        多丝真鳕科 Euclichthyidae
        
        鳕科 Gadidae
        
        江鳕科 Lotidae
        
        鼠尾鳕科 Macrouridae
        底尾鳕亚科 Bathygadinae
        
        鼠尾鳕亚科 Macrourinae
        
        卵头鳕亚科 Macrouroidinae
        
        颞孔鳕亚科 Trachyrincinae
        
        黑鳕科 Melanonidae
        
        梭鳕科 Merlucciidae
        
        稚鳕科 Moridae
        
        南极鳕科 Muraenolepididae
        
        褐鳕科 Phycidae
        
        真棘鳍类 Euacanthomorphacea
        金眼鲷亚类 Berycimorphaceae
        金眼鲷目 Beryciformes
        金眼鲷亚目 Berycoidei
        金眼鲷科 Berycidae
        
        大鳞鲷科 Melamphaidae
        
        奇鲷亚目 Stephanoberycoidei
        须仿鲸科 Barbourisiidae
        
        仿鲸科 Cetomimidae
        
        红口仿鲸科 Rondeletiidae
        
        奇鲷科 Stephanoberycidae
        
        吉伯鲷科 Gibberichthyidae
        
        粗鳞鲷科 Hispidoberycidae
        
        燧鲷目 Trachichthyiformes
        狼牙鲷科 Anoplogastridae
        
        黑银眼鲷科 Diretmidae
        
        灯眼鱼科 Anomalopidae
        
        松球鱼科 Monocentridae
        
        燧鲷科 Trachichthyidae
        
        金鳞鱼亚类 Holocentrimorphaceae
        金鳞鱼目 Holocentriformes
        金鳞鱼科 Holocentridae
        
        鲈形亚类 Percomorphaceae
        鼬鱼系 Ophidiimopharia
        鼬鱼目 Ophidiiformes
        鼬鱼亚目 Ophidioidei
        隐鱼科 Carapidae
        
        鼬鱼科 Ophidiidae
        
        深海鼬鱼亚目 Bythitoidei
        深海鼬鱼科 Bythitidae
        
        裸鼬鱼科 Aphyonidae
        
        副鬚鼬魚科 Parabrotulidae
        
        蟾鱼系 Batrachoidimopharia
        蟾鱼目 Batrachoidiformes
        蟾鱼科 Batrachoididae
        蟾鱼亚科 Batrachoidinae
        
        小孔蟾鱼亚科 Halophryninae
        
        光蟾鱼亚科 Porichthyinae
        
        海蟾鱼亚科 Thalassophryninae
        
        虾虎鱼系 Gobiomopharia
        钩头鱼目 Kurtiformes
        钩头鱼科 Kurtidae
        
        天竺鲷科 Apogonidae
        天竺鲷亚科 Apogoninae
        
        拟天竺鲷亚科 Pseudaminae
        
        虾虎鱼目 Gobiiformes
        丝鳍鱚亚目 Trichonotoidei
        丝鳍鱚科 Trichonotidae
        
        虾虎鱼亚目 Gobioidei
        溪鳢科 Rhyacichthyidae
        
        沙塘鳢科 Odontobutidae
        
        澳洲大口塘鳢科 Milyeringidae
        
        塘鳢科 Eleotridae（包含旧有的扁头鰕虎科 Xenisthmidae）
        
        海塘鳢科 Thalasseleotrididae
        
        背眼虾虎鱼科 Oxudercidae
        背眼虾虎鱼亚科 Oxudercinae
        
        近盲虾虎鱼亚科 Amblyopinae
        
        拟虾虎鱼亚科 Gobionellinae
        
        双盘虾虎鱼亚科 Sicydiinae
        
        虾虎鱼科 Gobiidae（包含原有的蚓鰕虎科 Microdesmidae、沙鰕虎科 Kraemeriidae及辛氏鱼科 Schindleriidae）
        瘤虾虎鱼亚科 Benthophilinae
        
        虾虎鱼亚科 Gobiinae
        
        鲭形系 Scombrimopharia
        海龙鱼目 Syngnathiformes
        海龙鱼亚目 Syngnathoidei
        沟口鱼科 Solenostomidae
        
        海龙科 Syngnathidae
        海马亚科 Hippocampinae
        
        海龙亚科 Syngnathinae
        
        管口鱼科 Aulostomidae
        
        烟管鱼科 Fistulariidae
        
        虾鱼科 Centriscidae
        
        鹬嘴鱼科 Macroramphosidae
        
        䲗亚目 Callionymoidei
        蜥䲗科 Draconettidae
        
        䲗科 Callionymidae
        
        须鲷亚目 Mulloidei
        须鲷科 Mullidae
        
        飞角鱼亚目 Dactylopteroidei
        飞角鱼科 Dactylopteridae
        
        海蛾鱼科 Pegasidae
        
        鲭形目 Scombriformes
        澳洲鲑鲈科 Arripidae
        
        乌鲂科 Bramidae
        
        鬣鱼科 Caristiidae
        
        叉齿鱚科 Chiasmodontidae
        
        蛇鲭科 Gempylidae
        
        贫骨鱼科 Icosteidae
        
        扁鲹科 Pomatomidae
        
        长鳍带䲠科 Scombrolabracidae
        
        带鱼科 Trichiuridae
        等鳍叉尾带鱼亚科 Aphanopodinae
        
        叉尾带鱼亚科 Lepidopodinae
        
        带鱼亚科 Trichiurinae
        
        鲭科 Scombridae
        腹翼鲭亚科 Gasterochismatinae
        
        鲭亚科 Scombrinae
        
        鯥科 Scombropidae
        
        阿玛鲳科 Amarsipidae
        
        长鲳科 Centrolophidae
        
        圓鯧科 Nomeidae
        
        無齒鯧科 Ariommatidae
        
        方尾鯧科 Tetragonuridae
        
        鯧科 Stromateidae
        
        鲹形系 Carangimopharia
        攀鲈亚系 Anabantaria
        攀鲈目 Anabantiformes
        南鲈亚目 Nandoidei
        棕鲈科 Badidae
        
        南鲈科 Nandidae
        
        锯鳞鲈科 Pristolepididae
        
        鳢亚目 Channoidei
        鳢科 Channidae
        
        攀鲈亚目 Anabantoidei
        攀鲈科 Anabantidae
        
        沼口鱼科 Helostomatidae
        
        丝足鲈科 Osphronemidae
        格斗鱼亚科 Belontiinae
        
        梭头鲈亚科 Luciocephalinae
        
        斗鱼亚科 Macropodinae
        
        丝足鲈亚科 Osphroneminae
        
        合鳃目 Synbranchiformes
        甲棘背鱼亚目 Indostomoidei
        甲棘背鱼科 Indostomidae
        
        棘鳅亚目 Mastacembeloidei
        裸鳅科 Chaudhuriidae
        
        棘鳅科 Mastacembelidae
        
        合鳃鱼亚目 Synbranchoidei
        合鳃鱼科 Synbranchidae
        
        鲹形亚系 Carangaria
        鲹形目 Carangiformes（并系群）
        鲹科 Carangidae
        
        鱰科 Coryphaenidae
        
        䲟科 Echeneidae
        
        丝帆鱼科 Nematistiidae
        
        海鲡科 Rachycentridae
        
        旗鱼目 Istiophoriformes
        剑旗鱼科 Xiphiidae
        
        旗鱼科 Istiophoridae
        
        †海明威鱼科 Hemingwayidae
        
        †古喙鱼科 Palaeorhynchidae
        
        †波氏鱼科 Blochiidae
        
        鲽形目 Pleuronectiformes
        鳒亚目 Psettodoidei
        鳒科 Psettodidae
        
        鲽亚目 Pleuronectoidei
        棘鲆总科 Citharoidea
        棘鲆科 Citharidae
        
        鲽总科 Pleuronectoidea
        菱鲆科 Scophthalmidae
        
        牙鲆科 Paralichthyidae
        
        鲽科 Pleuronectidae
        
        鲆科 Bothidae
        
        鳎总科 Soleoidea
        牙鲽科 Pleuronectidae
        
        瓦鲽科 Poecilopsettidae
        
        菱鲽科 Rhombosoleidae
        
        无臂鲆科 Achiropsettidae
        
        冠鲽科 Samaridae
        
        无臂鳎科 Achiridae
        
        鳎科 Soleidae
        
        舌鳎科 Cynoglossidae
        
        地位未定 incertae sedis
        金梭鱼科 Sphyraenidae
        
        锯盖鱼科 Centropomidae
        
        乳香鱼科 Lactariidae
        
        滨鲑科 Leptobramidae
        
        眼眶鱼科 Menidae
        
        马鲅科 Polynemidae
        
        射水鱼科 Toxotidae
        
        卵附亚系 Ovalentaria
        银汉鱼总目 Atherinomorphae
        银汉鱼目 Atheriniformes
        银汉鱼科 Atherinidae
        
        拟银汉鱼科 Atherinopsidae
        
        皮杜银汉鱼科 Bedotiidae
        
        牙银汉鱼科 Dentatherinidae
        
        虹银汉鱼科 Melanotaeniidae
        
        浪花鱼科 Notocheiridae
        
        精器鱼科 Phallostethidae
        
        似鲻银汉鱼科 Pseudomugilidae
        
        沼银汉鱼科 Telmatherinidae
        
        鳉形目 Cyprinodontiformes
        单唇鳉亚目 Aplocheiloidei
        單唇鱂科 Aplocheilidae（包含假鰓鱂科 Nothobranchiidae、溪鱂科 Rivulidae）
        
        鲤齿亚目 Cyprinodontoidei
        底鳉总科 Funduloidea
        深鳉科 Profundulidae
        
        谷鳉科 Goodeidae
        
        底鳉科 Fundulidae
        
        瓦伦鳉总科 Valencioidea
        瓦伦鳉科 Valenciidae
        
        鲤齿鳉总科 Cyprinodontoidea
        鲤齿鳉科 Cyprinodontidae
        
        花鳉总科 Poecilioidea
        四眼鱼科 Anablepidae。
        
        花鳉科 Poeciliidae
        
        鹤鱵目 Beloniformes
        异鳉亚目 Adrianichthyoidei
        异鳉科 Adrianichthyidae
        
        鹤鱵亚目 Belonoidei
        秋刀鱼总科 Scomberesocoidea
        鹤鱵科 Belonidae
        
        秋刀鱼科 Scomberesocidae
        
        飞鱼总科 Exocoetoidea
        飞鱼科 Exocoetidae
        
        鱵科 Hemiramphidae
        
        异鳞鱵科 Zenarchopteridae
        
        鲻形总目 Mugilomorphae
        鲻形目 Mugiliformes
        鲻科 Mugilidae
        
        慈鲷总目 Cichlomorphae
        慈鲷目 Cichliformes
        慈鲷科 Cichlidae
        
        裸鳗鳚科 Pholidichthyidae
        
        鳚形总目 Blenniimorphae
        鳚形目 Blenniiformes
        鳚科 Blenniidae
        
        旗鳚科 Chaenopsidae
        
        矶鳚科 Clinidae
        
        柄眼鱼科 Dactyloscopidae
        
        新矶鳚科 Labrisomidae
        
        三鳍鳚科 Tripterygiidae
        
        喉盘鱼目 Gobiesociformes
        喉盘鱼科 Gobiesocidae
        
        地位未定 incertae sedis
        双边鱼科 Ambassidae
        
        鳗鲷科 Congrogadidae
        
        海鲫科 Embiotocidae
        
        蓝纹鲈科 Grammatidae
        
        后颌鱼科 Opistognathidae
        
        鮗科 Plesiopidae
        
        叶鲈科 Polycentridae
        
        雀鲷科 Pomacentridae
        
        拟雀鲷科 Pseudochromidae
        
        真鲈形系 Eupercaria
        银鲈目 Gerreiformes
        银鲈科 Gerreidae
        
        䲢形目 Uranoscopiformes
        玉筋鱼科 Ammodytidae
        
        冬鱚科 Cheimarrhichthyidae
        
        虎鱚科 Pinguipedidae
        
        䲢科 Uranoscopidae
        
        隆头鱼目 Labriformes
        隆头鱼科 Labridae
        
        狼鲈目 Moroniformes
        
        白鲳目 Ephippiformes
        帘鲷科 Drepaneidae
        
        白鲳科 Ephippidae
        
        蝴蝶鱼目 Chaetodontiformes
        蝴蝶鱼科 Chaetodontidae
        
        鲾科 Leiognathidae
        
        刺尾鲷目 Acanthuriformes
        刺尾鲷科 Acanthuridae
        
        鲯鲭科 Luvaridae
        
        镰鱼科 Zanclidae
        
        笛鲷目 Lutjaniformes
        石鲈科 Haemulidae
        
        笛鲷科 Lutjanidae（包含乌尾鮗科 Caesionidae）
        
        松鲷目 Lobotiformes
        拟松鲷科 Datnioididae
        
        髭鲷科 Hapalogenyidae
        
        松鲷科 Lobotidae
        
        鲷形目 Spariformes
        龙占鱼科 Lethrinidae
        
        金线鱼科 Nemipteridae
        
        鲷科 Sparidae（包含长身鲷科 Centracanthidae）
        
        金钱鱼目 Scatophagiformes
        金钱鱼科 Scatophagidae
        
        大眼鲷目 Priacanthiformes
        大眼鲷科 Priacanthidae
        
        赤刀鱼科 Cepolidae
        
        菱鲷目 Caproiformes
        菱鲷科 Caproidae
        
        鮟鱇目 Lophiiformes
        鮟鱇亚目 Lophioidei
        鮟鱇科 Lophiidae
        
        躄鱼亚目 Antennarioidei
        躄鱼科 Antennariidae
        
        四臂躄鱼科 Tetrabrachiidae
        
        鱇躄鱼科 Lophichthyidae
        
        臂钩躄鱼科 Brachionichthyidae
        
        单棘躄鱼亚目 Chaunacoidei
        单棘躄鱼科 Chaunacidae
        
        棘茄鱼亚目 Ogcocephalioidei
        棘茄鱼科 Ogcocephalidae
        
        角鮟鱇亚目 Ceratioidei
        刺鮟鱇科 Centrophrynidae
        
        角鮟鱇科 Ceratiidae
        
        鞭冠鮟鱇科 Himantolophidae
        
        双角鮟鱇科 Diceratiidae
        
        黑角鮟鱇科 Melanocetidae
        
        奇鮟鱇科 Thaumatichthyidae
        
        梦角鮟鱇科 Oneirodidae
        
        新角鮟鱇科 Neoceratiidae
        
        长鳍鮟鱇科 Caulophrynidae
        
        巨棘角鮟鱇科 Gigantactinidae
        
        须角鮟鱇科 Linophrynidae
        
        魨形目 Tetraodontiformes
        †刺箱魨亞目（英语：Plectocretacicoidei） Plectocretacicoidei
        †白堊三刺魨科（英语：Cretatriacanthidae） Cretatriacanthidae
        
        †刺箱魨科（英语：Plectocretacicidae） Plectocretacicidae
        
        †原三刺魨科（英语：Protriacanthidae） Protriacanthidae
        
        三齒魨亞目 Triodontoidei
        三齒魨科 Triodontidae
        
        三棘魨亞目 Triacanthoidei
        擬三棘魨科 Triacanthodidae
        
        三棘魨科 Triacanthidae
        
        箱魨亞目 Ostracioidea
        †棘刺魨科（英语：Spinacanthidae） Spinacanthidae
        
        六稜箱魨科 Aracanidae
        
        箱魨科 Ostraciidae
        
        鱗魨亞目 Balistoidei
        †波卡鱗魨科（英语：Bolcabalistidae） Bolcabalistidae
        
        †Moclaybalistidae（英语：Moclaybalistidae）科
        
        鱗魨科 Balistidae
        
        單棘魨科 Monacanthidae
        
        四齒魨亞目 Tetraodontoidei
        †Avitoplectidae（英语：Avitoplectidae）科
        
        †Balkariidae（英语：Balkariidae）科
        
        †始辮魨科（英语：Eoplectidae） Eoplectidae
        
        翻車魨科 Molidae
        
        四齒魨科 Tetraodontidae
        
        二齒魨科 Diodontidae
        
        †略魨科（英语：Zignoichthyidae） Zignoichthyidae
        
        拟金眼鲷目 Pempheriformes
        发光鲷科 Acropomatidae
        
        扁棘鲷科 Banjosidae
        
        深海鲱科 Bathyclupeidae
        
        鳄齿鱚科 Champsodontidae
        
        無棘䲁科 Creediidae
        
        深海天竺鲷科 Epigonidae
        
        叶鲷科 Glaucosomatidae
        
        尖棘鲷科 Howellidae
        
        花鲈科 Lateolabracidae
        
        巨棘鲈科 Ostracoberycidae
        
        拟金眼鲷科 Pempheridae
        
        五棘鲷科 Pentacerotidae
        
        鱸鰧科 Percophidae〔此科为多系群，原模式属鲈䲢属（Perchophis）现被归入鲈形目的南极鱼亚目，还有许多属被归入双犁鱼科（属于鲀形目）及鲬状鱼科（属于鲈形目），其余的属也将继续归入新的科。〕
        
        多锯鲈科 Polyprionidae
        
        愈齿鲷科 Symphysanodontidae
        
        双犁鱼科 Hemerocoetidae
        
        狭视鱼科 Leptoscopidae
        
        日鲈目 Centrarchiformes
        日鲈亚目 Centrarchoidei
        太阳鱼科 Centrarchidae
        
        倭太阳鱼科 Elassomatidae
        
        姥鲈科 Enoplosidae
        
        鳜科 Sinipercidae
        
        䱵亞目 Cirrhitoidei（=䱵總科 Cirrhitoidea）
        單指䱵科 Aplodactylidae
        
        唇指䱵科 Cheilodactylidae
        
        絲鰭䱵科 Chironemidae
        
        䱵科 Cirrhitidae
        
        婢䱵科 Latridae
        
        真鲈亚目 Percichthyoidei
        真鲈科 Percichthyidae
        
        九斑鲈亚目 Percalatoidei
        九斑鲈科 Percalatidae
        
        鯻亚目 Terapontoidei
        双帆鱼科 Dichistiidae
        
        鱾科 Girellidae
        
        汤鲤科 Kuhliidae
        
        舵鱼科 Kyphosidae
        
        石鲷科 Oplegnathidae
        
        鯻科 Terapontidae
        
        蝎鱼科 Scorpididae
        
        真鲈形目 Perciformes
        鲬状鱼亚目 Bembropoidei
        鲬状鱼科 Bembropidae
        
        杜父鱼亚目 Cottoidei
        裸盖鱼下目 Anoplopomatales
        裸盖鱼科 Anoplopomatidae
        
        杜父鱼下目 Cottales
        八角鱼科 Agonidae
        
        杜父魚科 Cottidae
        
        圆鳍鱼科 Cyclopteridae
        
        乔氏杜父鱼科 Jordaniidae
        
        狮子鱼科 Liparidae
        
        隐棘杜父鱼科 Psychrolutidae
        
        钩吻杜父鱼科 Rhamphocottidae（包含旋杜父鱼科 Ereuniidae）
        
        鲉杜父鱼科 Scorpaenichthyidae
        
        毛齿鱼科 Trichodontidae
        
        棘背鱼下目 Gasterosteales
        管吻鱼科 Aulorhynchidae
        
        棘背鱼科 Gasterosteidae
        
        裸玉筋鱼科 Hypoptychidae
        
        六线鱼下目 Hexagrammales
        六线鱼科 Hexagrammidae
        
        栉鳍鱼下目 Zaniolepidoales
        栉鳍鱼科 Zaniolepididae
        
        绵鳚下目 Zoarcales
        狼鳚科 Anarhichadidae
        
        深海鳚科 Bathymasteridae
        
        隐棘鳚科 Cryptacanthodidae
        
        锦鳚科 Pholidae
        
        线鳚科 Stichaeidae
        
        船首鳚科 Zaproridae
        
        绵鳚科 Zoarcidae
        
        美冠鳚科 Eulophiidae
        
        翎鳚科 Ptilichthyidae
        
        蝮鳚科 Scytalinidae
        
        诺曼鱼亚目 Normanichthyoidei
        诺曼鱼科 Normanichthyidae
        
        鲈亚目 Percoidei
        东洋鲈科 Niphonidae
        
        河鲈科 Percidae
        
        龙䲢科 Trachinidae
        
        牛尾鱼亚目 Platycephaloidei（=鲬亚目 Bembroidei）
        赤鲬科 Bembridae
        
        针鲬科 Hoplichthyidae
        
        短鯒科 Parabembridae
        
        牛尾鱼科 Platycephalidae
        
        平头鲉科 Plectrogeniidae
        
        鲉亚目 Scorpaenoidei
        须蓑鲉科 Apistidae
        
        绒皮鲉科 Aploactinidae
        
        前鳍鲉科 Congiopodidae
        
        埃氏绒鲉科 Eschmeyeridae
        
        红绒鲉科 Gnathanacanthidae
        
        新平鲉科 Neosebastidae
        
        奇矮鲉科 Pataecidae
        
        大吻前鳍鲉科 Perryenidae
        
        鲉科 Scorpaenidae
        
        平鲉科 Sebastidae
        
        囊头鲉科 Setarchidae
        
        毒鲉科 Synanceiidae
        
        真裸皮鲉科 Tetrarogidae
        
        镰吻鲉科 Zanclorhynchidae
        
        鮨亞目 Serranoidei
        鮨科 Serranidae
        
        南極魚亞目 Notothenioidei
        阿氏龙䲢科 Artedidraconidae
        
        渊龙䲢科 Bathydraconidae
        
        牛鱼科 Bovichtidae
        
        鳄冰鱼科 Channichthyidae
        
        油南极鱼科 Eleginopsidae
        
        棘劫鱼科 Harpagiferidae
        
        南极鱼科 Nototheniidae
        
        拟牛鱼科 Pseudaphritidae
        
        鲈䲢科 Percophidae
        
        魴鮄亞目 Triglioidei
        黃魴鮄科 Peristediidae
        
        魴鮄科 Triglidae
        
        地位未定 incertae sedis
        丽花鮨科 Callanthiidae
        
        拟鲉鲈科 Centrogenyidae
        
        谐鱼科 Emmelichthyidae
        
        弱棘鱼科 Malacanthidae
        
        银鳞鲳科 Monodactylidae
        
        狼鲈科 Moronidae
        
        盖刺鱼科 Pomacanthidae
        
        金钱鱼科 Scatophagidae
        
        石首鱼科 Sciaenidae
        
        蓝子鱼科 Siganidae
        
        鱚科 Sillaginidae
        
        长鳍天竺鲷科 Dinolestidae
        
        洞鲈科 Dinopercidae
        
        拟鱲科 Parascorpididae
肉鳍鱼纲 Sarcopterygii
- †鬼鱼属 Guiyu
- †爪齿鱼目 Onychodontiformes
  - †爪齿鱼科 Onychodontidae
- 腔棘鱼亚纲 Actinistia
  - †米瓜夏鱼科 Miguashaiidae
  - †重尾鱼科 Diplocercidae
  - †科 Hadronectoridae
  - †科 Rhabdodermatidae
  - †前鳍鱼科 Laugiidae
  - 腔棘鱼目 Coelacanthiformes
    - †蝶柱鱼属 Styloichthys
    - †怀特鱼科 Whiteiidae
    - †叛逆腔棘鱼科 Rebellatricidae
    - †腔棘鱼科 Coelacanthidae
    - 矛尾鱼亚目 Latimerioidei
      - †馬索尼亞魚科 Mawsoniidae
      - 矛尾鱼科 Latimeriidae
- 扇鳍类 Rhipidistia
  - 肺鱼形类 Dipnomorpha
    - †孔鳞鱼目 Porolepiformes
      - †孔鳞鱼科 Porolepidae
      - †全褶鱼科 Holoptychiidae
    - 肺鱼亚纲 Dipnoi
      - †恶魔鱼科 Diabolichthyidae
      - †总科 Uranolophina
        †科 Uranolophidae
      - †科 Speonesydrionidae
      - †喙肺鱼科 Dipnorhynchidae
      - †科 Stomiahykidae
      - †科 Chirodipteridae
      - †全齿鱼科 Holodontidae
      - †双翼鱼科 Dipteridae
      - †科 Fleurantiidae
      - †科 Rhynchodipteridae
      - †科 Phaneropleuridae
      - †栉齿鱼科 Ctenodontidae
      - †科 Sagenodontidae
      - †科 Gnathorhizidae
      - 角齿鱼目 Ceratodiformes
        †亚洲角齿鱼科 Asiatoceratodontidae
        
        †褶角齿鱼科 Ptychoceratodontidae
        
        澳洲肺鱼科 Neoceratodontidae
      - 美洲肺鱼目 Lepidosireniformes
        美洲肺鱼科 Lepidosirenidae
        
        非洲肺鱼科 Protopteridae
  - 四足形類 Tetrapodomorpha
    - †肯氏鱼属 Kenichthys
    - †根齿鱼目 Rhizodontidae
      - †蜥翼鱼科 Sauripteridae
      - †根齿鱼科 Rhizodontidae
    - 骨鳞鱼总目 Osteolepidida
      - †卡南德拉鱼科 Canowindridae
      - †骨鳞鱼目 Osteolepiformes（或巨鱼目 Megalichthyiformes）
        †格格纳瑟斯鱼属 Gogonasus
        
        †属 Gyroptychius
        
        †骨鳞鱼科 Osteolepidae
        
        †属 Medoevia
        
        †巨鱼科 Megalichthyidae
      - 始四足类 Eotetrapodiformes
        †三列鳍鱼科 Tristichopteridae
        
        †提尼拉鱼属 Tinirau
        
        †扁头鱼属 Platycephalichthys
        
        希望螈类 Elpistostegalia
        †潘氏鱼属 Panderichthys
        
        坚头类 Stegocephalia
        †提塔利克鱼属 Tiktaalik
        
        †希望螈科 Elpistostegidae
        
        †散步鱼属 Elginerpeton
        
        †孔螈属 Ventastega
        
        †棘石螈属 Acanthostega
        
        †鱼石螈属 Ichthyostega
        
        †海纳螈属 Hynerpeton
        
        †瓦切螈科 Whatcheeriidae
        
        †圆螈科 Colosteidae
        
        †厚蛙螈属 Crassigyrinus
        
        †斜眼螈总科 Baphetoidea
        
        四足類 Tetrapoda