反恐战争，正式名称为“全球反恐战争”，(GWOT）是美国在2001年九一一袭击事件后发起的一场全球性军事行动。这场全球冲突包含多场战争，一些研究人员和政治学家认为它取代了冷战。
| 反恐戰爭 | |||||||
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| 後冷戰時代和后911时代的一部分的一部分 | |||||||
從左上角開始順時針轉分別為：九一一襲擊事件；參與阿富汗戰爭的美軍；阿富汗扎布爾省一名美軍士兵與阿富汗口譯員；伊拉克戰爭時，在巴格達的一處汽車炸彈遭引爆。 | |||||||
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| 参战方 | |||||||
| 北大西洋公约组织 列表 非北約成員國 列表 國際組織支援 列表
已滅亡的國家或軍事組織 列表 | 恐怖主义组织 基地组织 塔利班 巴基斯坦塔利班运动 伊斯兰国 努斯拉阵线 哈马斯 巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織 法塔赫 真主党 烏茲別克伊斯蘭運動 伊斯蘭聖戰聯盟 青年党 虔誠軍 哈卡尼网络 伊斯兰祈禱團 阿布沙耶夫 伊朗人民聖戰組織 高加索酋長國 東突厥斯坦伊斯蘭運動 伊斯兰卫士 博科圣地 呼罗珊 解放巴勒斯坦人民阵线 解放巴勒斯坦民主陣線 俾路支解放军 阿克萨烈士旅 伊斯兰党 穆罕默德军 若开罗兴亚救世军 阿迈勒运动 胡塞武装 | ||||||
行动的主要目标是伊斯兰主义武装组织，如基地组织、阿富汗塔利班及其盟友。其它主要目标包括推翻伊拉克的阿拉伯复兴社会党政权（该政权在2003年入侵伊拉克中被推翻），以及在随后叛乱中作战的各类武装派别。随着2014年伊斯兰国的领土扩张，它也成为了美国的主要对手之一。
“反恐战争”一词将“战争”用作隐喻，来描述一系列超出传统战争定义范畴的行动。美国总统乔治·沃克·布什于2001年9月16日首次使用“反恐战争”一词，随后几天在向美国国会发表的正式演讲中使用了“反恐战争”。布什将反恐战争的敌人定义为“一个激进的恐怖主义网络及每一个支持它们的政府”。初始冲突以基地组织为目标，主战场在阿富汗和巴基斯坦，该地区后来被称为“阿巴地区”。“反恐战争”一词立即遭到包括时任美国参谋长联席会议主席理查德·迈尔斯在内人士的批评，此后布什政府开始使用更为精细的术语来定义该行动。尽管“反恐战争”从未被用作美国军事行动的正式名称，但美国军队一直在颁发“反恐戰爭服役獎章”。
进入21世纪20年代，随着伊拉克战争（2011年主要作战结束，剩余行动持续至2021年）和阿富汗战争（2021年完全撤军）的终结，反恐战争的规模和强度有所下降。这一转变标志着反恐战争从大规模军事干预（数十万部队、地面入侵和长期占领）向更加精准、混合战争及可持续的方式过渡，其核心转向情报、选择性打击和地区联盟。美国和北约则优先考虑网络防御、线上反叙事以及与盟友合作，从而减少了负面舆论和己方伤亡。2022年7月31日，奥萨马·本·拉登的关键继任者艾曼·扎瓦希里在阿富汗喀布尔的美军无人机空袭中被击毙，标志着基地组织数十年集中领导时代的结束。截至2025年，该行动下的多项全球军事行动仍在继续，包括美国对索马里的军事干预。与此同时，2025年，美国针对也门的空袭也在持续进行。根据“战争成本项目”统计，后9/11时代的反恐战争已造成3800万人流离失所，是自1900年以来因冲突导致的第二大人口強迫遷移，并在阿富汗、伊拉克、利比亚、巴基斯坦、索马里、叙利亚和也门造成超过450万人死亡（直接和间接）。他们同时估计，这场战争已耗费美国财政部超过8万亿美元。
尽管“反恐战争”在最初几年得到美国公众的高度支持，但到后期已变得极不受欢迎。围绕这场战争的争议集中在道德性、伤亡和持续性上，批评者质疑侵犯公民自由和人权的政府措施。批评者尤其将《美國愛國者法案》描述为“歐威爾主義”，因为它大幅扩展了联邦政府的监控权力。聯合特遣部隊—堅決行動有争议的做法受到谴责，包括无人机作战、监控、酷刑、非常规引渡及各类战争罪行。参与行动的政府也因实施威权措施、镇压少数族裔、在全球范围内煽动伊斯兰恐惧症，以及对健康和环境造成负面影响而受到批评。安全分析人士断言，这场冲突没有军事解决方案，指出恐怖主义并非一个可识别的敌人，并强调谈判和政治解决方案对于解决危机根源的重要性。
词源
"反恐战争"这一短语特指由美国、英国及其盟国领导、针对被其认定为恐怖主义的组织与政权的军事行动，通常不包括俄罗斯、印度等国的独立反恐行动。这场冲突也被冠以其他名称，如"第三次世界大战"、“第四次世界大战”（假设冷战是第三次世界大战）、"布什的反恐战争"、"漫长的战争"、"永远的战争"、"全球反恐战争"、"打击基地组织的战争"或"恐怖之战"。
短词语的使用与发展
"反恐战争"一词在北美流行文化和美国政治语境中早已存在。但直到9月11日袭击事件后，它才成为一个全球公认的短语和日常词汇。汤姆·布罗考在目睹世界貿易中心 (1973年至2001年)倒塌后宣称："恐怖分子已对美国宣战。"2001年9月16日，美国总统乔治·W·布什在戴维营回答记者关于加强美国监视机构执法权力对公民自由影响的提问时，在即席评论中使用了"反恐战争"这一说法：
"这是一种新型的——一种新型的邪恶。我们理解。美国人民也开始理解。这场征讨，这场反恐战争将需要时间。美国人民必须有耐心。我也会有耐心。"
其中"十字军东征"的说法因在穆斯林世界及历史上的伊斯蘭教與基督教關係受到严厉批评。2001年9月20日，布什在向国会联席会议发表的电视讲话中表示："我们的反恐战争始于基地组织，但不会止步于此。直到每一个全球性恐怖组织被找到、阻止并击败，这场战争才会结束。"该术语及其所指政策一直争议不断，包括大赦国际在内的众多批评者与组织认为，它被用于为单边预防性战争、侵犯人权及其他违反国际法的行为正名。
政治理论家理查德·杰克逊指出，"'反恐战争'……既是一系列实际行动——战争、秘密行动、机构与制度，也是随之产生的一系列假设、信念、正当性论述与叙事——它是一整套语言或话语体系"。杰克逊援引了众多例证，其中包括约翰·阿什克罗夫特的声明："9月11日的袭击在文明与野蛮之间划清了界限"。
美国政府亦将"恐怖分子"描述为充满仇恨、奸诈、野蛮、疯狂、扭曲、变态、无信仰、寄生、非人化，且最常被称作"邪恶"的存在。相比之下，美国人则被形容为勇敢、仁爱、慷慨、坚强、足智多谋、英勇且尊重人权。奥萨马·本·拉登在2001年10月21日的采访中谴责乔治·W·布什的言论时表示：
"这些事件证明了美国在世界上实施的恐怖主义程度。布什声称世界必须一分为二：布什及其支持者，任何不加入全球征讨的国家就是与恐怖分子为伍。还有什么比这更清楚的恐怖主义？许多政府被迫支持这种'新恐怖主义'。"
美国政府使用次数减少
2007年4月，英国政府公开宣布将不再使用"反恐战争"这一表述，认为该提法弊大于利。英国军情五处前处长埃莉扎·曼宁汉姆-布勒女男爵在2011年的里斯讲座中对此解释道：9·11袭击是"犯罪行为，而非战争行为。因此我始终认为'反恐战争'的提法无益于事。"
尽管美国总统巴拉克·奥巴马鲜少使用该术语，但他在2009年1月20日的就职演说中宣称："我们的国家正在与一个遍布全球的暴力与仇恨网络作战。"2009年3月，美国国防部正式将军事行动名称从"全球反恐战争"更改为"海外应急行动"。奥巴马政府要求美国国防部避免使用旧称，转而采用新术语。但布什政府"反恐战争"的核心目标——打击基地组织与构建国际反恐联盟——得以延续。
短语的弃用
2010年5月，奥巴马政府发布了阐述其《美国国家安全战略》的报告。该文件摒弃了布什时代的"全球反恐战争"表述及"伊斯兰极端主义"提法，并明确指出："这不是一场针对某种手段（恐怖主义）或某个宗教（伊斯兰教）的全球战争。我们正在与一个特定网络——基地组织及其支持袭击美国、盟国与伙伴的恐怖主义附属机构作战。"
"反恐战争"这一术语在2010年5月首次被停用，其后在2013年5月再度被放弃。2013年5月23日，美国总统巴拉克·奥巴马宣布"反恐战争"已结束，他表示美国不会对某种战术宣战，而将专注于打击特定的恐怖组织网络。尽管如此，2010年代美国的其他军事行动仍被部分人士和媒体视为"反恐战争"的组成部分。2014年至2015年间"伊斯兰国"在伊拉克和叙利亚的崛起，引发了全球性的"坚定决心行动"以及对伊斯兰国的军事打击，这同样被视为"反恐战争"的新战线。
2012年12月，美国国防部总法律顾问杰·约翰逊在牛津大学演讲时指出，当基地组织被削弱到无法实施"战略性攻击"并遭"实质性摧毁"时，针对该组织的战争即告终结。届时这场冲突将不再符合国际法意义上的武装冲突定义，军事行动可转为执法行动。
2013年5月，在击毙奥萨马·本·拉登两年后，奥巴马发表演讲时特意为"全球反恐战争"加上引号（白宫官方记录如此记载）："必须明确，恐怖分子仍在威胁我们的国家......在阿富汗，我们将完成防务职责向阿方移交的过渡......在阿富汗之外，我们必须将行动定义为一系列持续且有针对性、旨在摧毁威胁美国的特定暴力极端主义网络的努力，而非无界限的'全球反恐战争'。多数情况下这将依赖国际合作。"但他在同一演讲中为强调美国军事行动的合法性，援引国会已授权的动武决议时表示："依据国内法和国际法，美国正与基地组织、塔利班及其关联势力处于战争状态。如果我们不先发制人，这个组织此刻就会尽可能多地杀害美国人。因此这是一场正义的战争——一场遵循比例原则、作为最后手段的自卫战争。"
然而"反恐战争"的表述在美国政坛仍持续存在。例如2017年，美国副总统迈克·彭斯将1983年贝鲁特军营爆炸事件称为"我们持续至今的全球反恐战争的开端"。
背景
9月11日袭击的前兆
1996年5月，由奥萨马·本·拉登资助的“世界伊斯兰反犹太及十字军圣战阵线”（WIFJAJC，后重组为基地组织）开始在阿富汗建立大规模行动基地，同年，伊斯兰极端主义政权阿富汗塔利班已在阿富汗夺取政权。1996年8月，本·拉登对美国宣战。1998年2月，奥萨马·本·拉登以基地组织首领身份签署伊斯蘭教令，对西方和以色列宣战；同年5月，基地组织发布视频，向美国和西方宣战。
1998年8月7日，基地组织袭击了美国驻肯尼亚和坦桑尼亚大使馆，造成224人死亡，其中包括12名美国人。作为报复，美国总统比尔·克林顿下令发动“无限延伸行动”，对苏丹和阿富汗境内据称与基地组织有关的目标进行轰炸，尽管外界对苏丹一家制药厂是否被用作化学武器设施存在疑问。该药厂生产该地区大部分抗疟药，满足了苏丹约50%的药品需求。此次空袭未能击毙基地组织或塔利班的任何领导人。
随后发生了2000年千禧年袭击阴谋，其中包括一起针对洛杉矶国际机场的未遂炸弹袭击。2000年10月12日，美国海军“科尔”号驱逐舰在也门港口附近遭袭，17名美国海军士兵丧生。
911袭击事件
2001年9月11日上午，十九名劫机者劫持了四架原定飞往加利福尼亚州喷气式民航客机。劫机者控制飞机后，告知乘客机上装有炸弹，并承诺在要求得到满足后会放过乘客和机组人员——事实上，乘客和机组人员均未怀疑飞机会被用作自杀式武器，因为历史上从未发生过此类事件，且以往的许多劫机事件都以乘客和机组人员在服从劫机者后安全脱身告终。这些劫机者——基地组织汉堡小组成员——驾驶两架客机故意撞向纽约市世界贸易中心的双子塔。两座建筑因撞击引发的火灾在两小时内相继倒塌，并摧毁或损毁了附近多座建筑。劫机者驾驶第三架客机撞向位于华盛顿特区附近弗吉尼亚州阿灵顿县的五角大楼。第四架客机在宾夕法尼亚州尚克斯维尔附近坠毁，此前部分乘客和机组人员试图夺回飞机控制权，当时劫机者已改变航向，计划撞击华盛顿特区的白宫或美国国会。四架航班上无人生还。袭击共造成2,977名遇难者及19名劫机者死亡。十九名劫机者中有十五人为沙特阿拉伯公民，其余分别来自阿拉伯联合酋长国（2人）、埃及和黎巴嫩。
2001年9月13日，北约首次启动《北大西洋公约》第五条，该条款规定对任一成员国的武装攻击应被视为对所有成员国的攻击。启动公约第五条后北约发起了“雄鹰行动”和“积极奋进行动”。2001年9月18日，总统布什签署了数日前国会通过的《授权使用军事力量打击恐怖分子法案》；该授权至今仍然有效，并被用于为多项军事行动提供法律依据。
美国目标
《2001年对恐怖分子使用军事力量授权法案》（AUMF）于2001年9月14日立法生效，旨在授权美国总统对美国武装部队针对“9·11”袭击事件责任方使用武力。该法案授权总统可对任何其认定的计划、授权、实施或协助“9·11”恐怖袭击的国家、组织或个人，以及庇护此类组织或个人的实体，采取“一切必要且适当的武力”，以防止其未来对美国实施国际恐怖主义行为。国会声明此法案构成《战争权力决议》第5(b)条所指的特定法定授权。
乔治·W·布什政府在反恐战争中确定了以下目标：
- 击败奥萨马·本·拉登、阿布·穆萨布·扎卡维等恐怖分子，摧毁他们的组织
- 识别、定位和摧毁恐怖分子及其组织
- 拒绝向恐怖分子提供赞助、支持和庇护
1.结束国家对恐怖主义的资助
2.建立和维持打击恐怖主义的国际责任标准
3.加强和保持打击恐怖主义的国际努力
4.具有意愿和能力状态的功能
5.启用弱状态
6.说服不情愿的国家
7.强迫不情愿的国家
8.干预和拆除对恐怖分子的物质支持
9.废除恐怖主义庇护所
- 减少恐怖分子试图利用的潜在条件
1.与国际社会建立伙伴关系，以加强薄弱国家并防止恐怖主义（再次）出现
2.赢得理想之战
- 保护美国公民和国内外利益
1.整合国土安全国家战略
2.获得领域意识
3.加强措施，确保国内外关键、物理和基于信息的基础设施的完整性、可靠性和可用性
4.采取措施保护海外美国公民
5.确保综合事故管理能力
2001年《对恐怖分子使用军事力量授权法案》授权美国总统可在未经国会监督或程序透明的情况下，于全球范围内发动军事行动。仅2018年至2020年间，美军就在85个国家开展了所谓“反恐”行动。其中，该授权法案被用于在至少22个国家发动机密军事行动。该法案被普遍视为授予总统单方面发动无休止“全球战争”权力的法案。
时间线
持久自由行动
“持久自由行动”是美国布什政府用于指代阿富汗战争及相关三次较小规模军事行动的官方名称，这些行动均属于全球反恐战争的一部分。这些全球性行动旨在搜寻并摧毁基地组织武装分子及其关联势力。该行动最初定名为“无限正义”，但因在伊斯兰世界引发广泛争议与谴责，后更名为“持久自由”。
阿富汗
2001年9月11日恐怖袭击发生后，乔治·W·布什于9月20日向阿富汗塔利班政权（阿富汗伊斯兰酋长国）发出最后通牒，要求其移交奥萨马·本·拉登及在阿活动的基地组织头目，否则将面临军事打击。塔利班方面要求美方提供本·拉登参与9·11袭击的证据，并表示若证据确凿，愿意通过伊斯兰法庭进行审判。
此后，美国及其盟国于2001年10月入侵阿富汗，旨在推翻塔利班政权。10月7日，英美联军对敌方目标展开空袭，标志着入侵正式开始。不久，布什拒绝了塔利班在停火条件下移交本·拉登的提议。截至11月中旬，阿富汗首都喀布尔被攻陷。残余的基地组织和塔利班势力退至阿富汗东部崎岖山区（主要是托拉博拉地区）。12月，以美国为首的联军在该地区展开战斗，据信奥萨马·本·拉登在此役期间逃往巴基斯坦。
2002年3月，美国及其北约与非北约国家发动“蟒蛇行动”，旨在歼灭盘踞在阿富汗沙希库特山谷及阿尔马山区的残余基地组织和塔利班力量。此役塔利班伤亡惨重，最终撤离该区域。
2002年底，塔利班在巴基斯坦西部重组，开始对联军发动游击战。阿富汗南部和东部多地爆发了塔利班与联军的交火。联军通过一系列军事攻势和增兵予以回应。2010年2月，联军在阿富汗南部发动“莫什塔拉克行动”及其他军事攻势，试图彻底摧毁塔利班叛乱势力。与此同时，塔利班关联武装与联军之间也开启了和谈进程。
2014年9月，阿富汗与美国签署安全协议，允许美国及北约部队在阿驻扎至2024年。然而，2020年2月29日，美国与塔利班在多哈签署有条件和平协议，要求美军在14个月内撤离阿富汗，前提是塔利班遵守协议条款，即“不得允许其成员、其他个人或团体（包括基地组织）利用阿富汗领土威胁美国及其盟友安全”。阿富汗政府未参与该协议，并拒绝其中关于释放囚犯的条款。乔·拜登就任总统后，将撤军截止日期推迟至2021年8月31日。2021年8月15日，塔利班以出人意料的迅猛攻势占领喀布尔，阿富汗战争结束。美军和北约部队控制了喀布尔的哈米德·卡尔扎伊国际机场，用于执行“盟友避难行动”及大规模撤离外国公民和特定阿富汗高危人群的行动，此次撤离与塔利班达成了合作。
2021年8月30日，美国仓促完成从阿富汗的军事撤离。此次撤军因混乱无序而受到国内外广泛批评，也被认为助长了塔利班的攻势。许多欧洲国家（包括英国、德国、意大利和波兰）也相继撤军。虽然撤离了超过12万人，但大规模撤离行动仍因遗留数百名美国公民及其家属而受到指责。
国际安全援助部队
由北约领导的国际安全援助部队（ISAF）成立于2001年12月，旨在协助阿富汗过渡伊斯兰国。随着塔利班活动再起，2006年ISAF宣布将在"持久自由行动"框架下，接替美军的任务。
在阿富汗南部，以英国陆军第16空中突击旅级战斗队（后由英國皇家海軍陸戰隊增援）为核心，与来自澳大利亚、加拿大和荷兰的部队及直升机共同组成主要力量。初期部队包括约3300名英军、2000名加军、1400名荷兰军人及240名澳大利亚军人，此外还有来自丹麦和爱沙尼亚的特种部队以及其他国家的少量分遣队。经巴基斯坦路线运往驻阿富汗ISAF的月均货运集装箱超过4000个，耗资约120亿巴基斯坦卢比。
菲律宾
2002年1月，美国特种作战司令部（太平洋地区）被部署至菲律宾，旨在为菲律宾武装部队打击伊斯兰主义团体提供咨询与协助。相关行动主要集中于清除阿布沙耶夫组织和伊斯兰祈祷团在巴西兰岛的据点。该行动的第二部分是以人道主义项目"微笑行动"的形式开展的。该项目作为"心灵与思想"计划的一部分，旨在为巴西兰地区提供医疗护理与服务。
菲律宾联合特种作战特遣队于2014年6月解散，结束了为期12年的成功任务。在特遣队解散后，直至2014年11月，美国部队仍以"太平洋司令部增援队"的名义在菲律宾继续行动，直至2015年2月24日。2017年9月1日，美国国防部长詹姆斯·马蒂斯将"太平洋之鹰-菲律宾行动"指定为一项应急行动，以支持菲律宾政府及军方孤立、削弱并击败伊斯兰国附属组织（统称为伊斯兰国-菲律宾或ISIL-P）及菲国内其他恐怖组织。截至2018年，美国在菲律宾境内针对恐怖组织的行动涉及多达300名军事顾问。
跨撒哈拉（北非地区）
持久自由行动——跨撒哈拉（OEF-TS），现称“朱尼珀盾牌行动”，是美国与伙伴国家在非洲撒哈拉/萨赫勒地区开展的军事行动，主要包括反恐努力以及打击整个中非地区的武器和毒品贩运。
马里北部冲突始于2012年1月16日，当时与基地组织有关联的激进伊斯兰分子向马里北部推进。马里政府难以维持对全国的完全控制。这个新生的政府请求国际社会支持打击伊斯兰武装分子。2013年1月，法国应马里政府请求进行干预，并向该地区部署了部队。他们于2013年1月11日发动了“藪貓行動”，旨在将基地组织关联团体逐出马里北部。
非洲之角与红海地区
持久自由行动（非洲之角）是持久自由行动的一部分。与持久自由行动包含的其他行动不同，"持久自由-非洲之角"行动没有特定的组织作为打击目标。相反，该行动的重点是努力破坏和侦查该地区的激进分子活动，并与有意愿的政府合作，防止激进分子组织和活动的重新抬头。
2002年10月，非洲之角联合特遣部队在吉布提莱蒙尼尔军营成立。该部队约有2000名人员，包括美军、特种作战部队和联军成员，如第150联合特遣队。
第150联合特遣队由来自多个不同国家的舰艇组成，这些国家包括澳大利亚、加拿大、法国、德国、意大利、荷兰、巴基斯坦、新西兰和英国。联军的主要目标是监视、检查、登临和阻止可疑船只进入非洲之角地区，以免影响美国入侵伊拉克的军事行动。
该行动还包括对吉布提、肯尼亚和埃塞俄比亚等国选定的武装部队单位进行反恐和反叛乱战术训练。非洲之角联合特遣部队开展的人道主义工作包括重建学校和医院，并为那些接受其部队训练的国家提供医疗服务。
作为"跨撒哈拉反恐计划"的一部分，该计划得以扩展，非洲之角联合特遣部队还协助训练乍得、尼日尔、毛里塔尼亚和马里的武装部队。然而，反恐战争并未包含苏丹，该国在一场持续的内战中已有超过40万人死亡。
2006年7月1日，据称是奥萨马·本·拉登撰写并在网上发布的一份信息，敦促索马里人在索马里建立一个伊斯兰国家，并警告西方政府，如果它们干预，基地组织将与之战斗。
索马里总理声称，三名1998年美国大使馆爆炸案的"嫌疑人"正受到基地组织的庇护。2006年12月30日，基地组织副首领艾曼·扎瓦希里呼吁全世界的穆斯林与索马里和埃塞俄比亚政府作战。
2007年1月8日，美军使用AC-130空中砲艇轰炸拉斯坎波尼，发动了拉斯坎波尼战役。
2009年9月14日，美军特种部队在索马里巴阿拉维村附近击毙两名男子，并击伤和捕获另外两人。目击者称，执行行动的直升机是从悬挂法国国旗的军舰上起飞的，但这无法得到证实。位于索马里的基地组织附属团体"青年党"证实了萨利赫·阿里·萨利赫·纳卜汉以及数目不详的武装分子死亡。纳卜汉是肯尼亚人，因涉嫌与2002年蒙巴萨袭击案有关而被通缉。
各国军事行动
伊拉克战争
2002年国情咨文讲话
在2002年的国情咨文演讲中，乔治·W·布什指责朝鲜、伊朗和伊拉克是国家恐怖主义并寻求大规模杀伤性武器。这些国家被描绘成全球威胁，并被归入"邪恶轴心"这一术语之下。关于伊拉克，布什声称：
"伊拉克继续公然对美国表示敌意并支持恐怖主义。伊拉克政权十多年来一直图谋发展炭疽、神经毒气和核武器。这个政权已经使用毒气杀害了数千名本国公民，留下母亲蜷缩在死去孩子身上的尸体。这个政权曾同意国际核查，却又驱逐了核查人员。这个政权对文明世界有所隐瞒。"
序章
2002年10月，美国国会通过了"2002年对伊拉克使用军事力量授权决议"，授权美国总统下令对伊拉克进行军事打击。2003年2月5日，国务卿科林·鲍威尔在联合国安理会进行了陈述，声称伊拉克涉嫌秘密进行大规模杀伤性武器计划并与基地组织有联系。
2003年3月17日，布什向萨达姆·侯赛因及其两个儿子发出最后通牒，要求他们在48小时期限内逃离伊拉克，否则将面临"军事冲突"。布什为其政策辩护称：
"恐怖分子和恐怖主义国家不会发出正式声明、给予公平通知来揭示这些威胁——在敌人首先发动袭击后才做出回应，这不是自卫，而是自杀。世界的安全要求现在就解除萨达姆·侯赛因的武装。"
入侵伊拉克
伊拉克战争于2003年3月20日开始，首先进行了空袭，随后立即是由美国领导的地面入侵。布什政府援引了联合国安理会第1441号决议，该决议警告称，对诸如伊拉克拥有大规模杀伤性武器等行为将面临"严重后果"。布什政府还声称，伊拉克战争是反恐战争的一部分，这一说法后来受到质疑和争议。自1990年伊拉克入侵科威特以来，伊拉克一直被美国列为恐怖主义支持国。
第一次地面攻击是2003年3月21日的乌姆盖斯尔战役，英国、美国和波兰联军夺取了港口城市乌姆盖斯尔的控制权。伊拉克首都巴格达于2003年4月落入美军之手，萨达姆·侯赛因政权迅速瓦解。2003年5月1日，布什宣布伊拉克的主要战斗行动已结束。
伊拉克叛乱（2003-2011年）
然而，针对美国领导的联军以及新组建的伊拉克军队和后萨达姆政府的叛乱随之兴起。这场包括与伊拉克基地组织有关联的团体在内的叛乱，导致大量联军伤亡。叛乱主要由阿拉伯复兴社会主义政权流亡成员领导，包括伊拉克民族主义者和泛阿拉伯主义。许多叛乱领导人是伊斯兰主义者，并声称正在进行一场旨在重建历史上伊斯兰哈里发国的宗教战争。萨达姆·侯赛因于2003年12月被美军抓获，并于2006年被处决。
2004年，叛乱力量变得更加强大。美军对纳杰夫和费卢杰等城市的叛乱据点发动了攻势。
2007年1月，布什总统基于大衛·彼得雷烏斯制定的反叛乱理论和战术，提出了"伊拉克自由行动"的新战略。2007年的增兵是这一"新方向"的一部分，加上美国对其先前试图击败的逊尼派团体的支持，被认为导致了广泛认可的暴力事件大幅减少，降幅高达80%。随着2010年9月1日美国正式结束战斗行动，战争进入了一个新阶段。
伊拉克内战（2014-2017年）
奥巴马总统于2011年下令撤出大部分部队，但于2014年开始重新部署部队以打击极端组织伊斯兰国。截至2021年7月，伊拉克仍有大约2500名美军，他们继续协助打击伊斯兰国残余势力的任务。
巴基斯坦
在9月11日袭击事件发生后，面对时任美国总统乔治·W·布什的最后通牒，巴基斯坦前总统佩尔韦兹·穆沙拉夫选择与美国结盟，反对阿富汗塔利班政府。穆沙拉夫同意向美国提供三个空军基地用于开展"持久自由行动"。美国国务卿科林·鲍威尔及其他美国政府官员会见了穆沙拉夫。2001年9月19日，穆沙拉夫向巴基斯坦人民发表讲话，表示他虽然反对对塔利班采取军事手段，但如果巴基斯坦不合作，将面临与美国和印度结盟所带来的危险。2006年，穆沙拉夫作证称这一立场是迫于美国的威胁，并在其回忆录中透露，他曾将美国作为假想敌进行"兵棋推演"，并认为若与美对抗巴基斯坦终将失败。
2002年1月12日，穆沙拉夫发表了反对伊斯兰极端主义的演讲。他明确谴责一切恐怖主义行为，承诺在巴基斯坦国内打击伊斯兰极端主义。他表示政府决心根除极端主义，并明确指出被取缔的激进组织不得以任何新名称重新出现。他说："最近决定禁止宣扬激进主义的极端组织，是在经过充分协商后为国家利益而作出的。这一决定并非受任何外国压力影响"。
2002年，穆沙拉夫领导的政府对宣扬极端主义的圣战组织采取了强硬立场，逮捕了穆罕默德军首领馬蘇德·阿查爾、虔诚军首领哈菲斯·穆罕默德·萨伊德，并拘留了数十名活动分子。1月12日，官方对这些组织实施了禁令。同年，沙特阿拉伯出生的扎因·阿比丁·穆罕默德·侯赛因·阿布·祖巴耶达赫在一系列美巴联合突袭中被巴基斯坦官员逮捕。据称，祖巴耶达赫是基地组织的高级官员，担任行动负责人，负责管理基地组织的训练营。随后两年内，其他重要的基地组织成员相继被捕，包括已知是基地组织行动资金支持者的拉姆齐·本·阿尔-希布赫，以及在被捕时是基地组织第三号人物、直接负责策划9月11日袭击的哈立德·谢赫·穆罕默德。
2004年，巴基斯坦陆军在巴基斯坦联邦直辖部落地区瓦濟里斯坦发起了一场军事行动，投入了8万兵力，目标是清除该地区的基地组织和塔利班势力。
塔利班政权垮台后，许多塔利班抵抗分子逃往阿富汗和巴基斯坦的北部边境地区，这些地区此前巴基斯坦军队控制力较弱。在美国的后勤和空中支援下，巴基斯坦军队抓获或击毙了多名基地组织成员，例如因参与美国科尔号驱逐舰爆炸案、波金卡计划以及杀害《华尔街日报》记者丹尼尔·珀尔而被通缉的哈立德·谢赫·穆罕默德。
美国在联邦直辖部落区全域实施了无人机打击行动。然而，巴基斯坦塔利班运动仍在当地活动。据估计，自反恐战争开始以来，已有15名美军士兵在巴基斯坦境内与基地组织和塔利班残余势力的战斗中丧生。
2011年5月2日，奥萨马·本·拉登及其妻子和儿子在巴基斯坦阿伯塔巴德的一次由美國特種作戰部隊执行的突袭中被击毙。
美国中央情报局在巴基斯坦使用无人机执行与全球反恐战争相关的行动，引发了关于主权和战争法的辩论。美国政府使用中情局而非美国空军在巴基斯坦进行打击，以避免因军事入侵而侵犯主权。一份关于无人机战争和空中主权的报告批评美国滥用"全球反恐战争"一词，通过政府机构进行军事行动而不正式宣战。
9月11日袭击事件后，美国对巴基斯坦的经济和安全援助大幅增加。随着《加强巴基斯坦伙伴关系法案》的通过，巴基斯坦在2010至2014财年的五年间获得了75亿美元的援助。
也门
自反恐战争开始以来，美国对也门的基地组织进行了一系列军事打击。也门中央政府薄弱，部落体系强大，导致大片法律真空地带成为武装分子训练和活动的地区。基地组织在该国有很强的实力。2011年3月31日，阿拉伯半岛基地组织在占领了阿比扬省大部分地区后，宣布建立也门基地组织酋长国。
为支持也门的反恐努力，美国将对也门的军事援助从2006年的不足1100万美元增加到2009年的超过7000万美元，并在未来三年内提供高达1.21亿美元的发展援助。
当前阶段：伊斯兰国与毒品恐怖主义的焦点（2021年至今）
进入2020年代，随着伊拉克战争（2011年结束，残余行动持续至2021年）和阿富汗战争（2021年完成撤军）的落幕，全球反恐战争的规模和强度有所下降。这标志着反恐策略从大规模军事干预从动用数十万军队、发动地面入侵和长期占领转向更为精准、混合且可持续的模式，其核心转向情报主导、选择性打击和区域联盟。美国与北约将网络防御、线上反宣传以及与盟友的合作列为优先事项，此举减少了媒体的"噪音"并降低了己方伤亡。2022年7月31日，美国在阿富汗喀布尔的一次无人机袭击中击毙了奥萨马·本·拉登的关键继任者艾曼·扎瓦希里，这标志着基地组织数十年集中领导的终结。截至2025年，全球范围内的相关行动仍在进行，包括美国对索马里的军事干预。与此同时，美国对也门的空袭在2025年持续进行。
与此同时，ISIS-K（伊斯兰国呼罗珊省）因其去中心化和跨国运作能力，依然是一个结构性的恐怖组织。一系列高影响力袭击事件印证了这一点，包括：2024年1月伊朗克尔曼的自杀式爆炸（94人死亡）；2024年3月莫斯科克罗库斯城音乐厅袭击（逾140人遇难）；2024年8月在维也纳策划袭击泰勒·斯威夫特演唱会但被挫败的阴谋；以及2025年1月1日新奥尔良发生的车辆爆炸袭击（至少15人死亡）。这些事件表明，该组织能够利用2021年美国撤军造成的安全漏洞，以及2024年12月阿萨德政权倒台后叙利亚的动荡局势，将其致命暴力投射到阿富汗和巴基斯坦核心基地之外很远的地方。其韧性得以维持，一方面依靠高度复杂的数字宣传，通过加密平台重新激活了在俄罗斯、土耳其、欧洲和美国的中亚侨民（尤其是塔吉克人）中的招募工作；另一方面依靠强大的后勤和金融网络，能够动员经验丰富的战斗人员（据2025年联合国和美国中央司令部报告估计，在阿富汗有4000-6000人，在叙利亚和伊拉克有超过2500名成员）。
2025年，美国针对据称与委内瑞拉有关的毒品恐怖主义组织（如"太阳集团"、"阿拉瓜火车"和"哥伦比亚民族解放军"）的军事升级，将拉丁美洲的毒品恐怖主义重新界定为全球性威胁，进而为可能入侵委内瑞拉领土打开了大门。美国将"太阳的卡特尔"指定为外国恐怖组织，将"杰拉尔德·R·福特"号航空母舰部署到委内瑞拉附近水域，并对被标记为贩毒资产的船只进行了一系列打击，这些都代表了该地区局势的转折点：重心已不再仅仅是拦截，而是转变为美洲范围内的反恐行动。同样，"南方之矛行动"也引发了新的疑问：第二场反恐战争是否已经开始？通过采用与9/11后反恐战争相同的法律和话语框架，将毒贩视为"非法战斗人员"并为此在国际水域使用致命武力辩护，华盛顿为更广泛的军事行动——包括针对犯罪集团控制区的定点打击、直接干预，甚至如果威胁被认为具有系统性，不排除潜在的地面行动——敞开了大门。这一战略调整可能将其他区域行为体拉入一个集体安全框架，使多边军事合作合法化，并在反恐范式下重塑半球安全格局，其范围远超传统的禁毒努力。
2025年12月19日，美国在巴尔米拉袭击事件后，对伊斯兰国实施了"鹰眼打击行动"。
其他军事行动
坚定决心行动（叙利亚和伊拉克）
奥巴马政府于2014年8月10日再次对伊拉克进行军事介入，发动了一系列针对伊斯兰国的空袭。2014年9月9日，奥巴马总统表示，他有权采取行动摧毁被称为"伊拉克和黎凡特伊斯兰国"的激进组织，依据2001年《授权使用军事武力打击恐怖分子法案》，因此无需国会批准。9月10日，巴拉克·奥巴马总统就ISIL问题发表电视讲话，宣布："我们的目标很明确：我们将通过全面、持续的反恐战略，削弱并最终摧毁ISIL。"奥巴马授权向伊拉克增派美军，并批准在叙利亚境内对ISIL采取直接军事行动。9月21日至22日，美国、沙特阿拉伯、巴林、阿联酋、约旦和卡塔尔开始对叙利亚境内的ISIL目标发动空袭。
2014年10月，有报道称美国国防部在授予战役勋章方面，将针对ISIL的军事行动视为"持久自由行动"的一部分。10月15日，此次军事干预被正式命名为"坚定决心行动"。
伊斯兰国在拉瑙的活动与马拉维战役
随着"伊拉克和黎凡特伊斯兰国"（ISIL）的崛起，其分支组织在世界各地出现，包括菲律宾。由前摩洛伊斯兰解放阵线游击队员和外国武装分子组成的毛特组织，在其首领奥马尔·毛特（据称是达瓦伊斯兰组织的创始人）的领导下，宣布效忠ISIL，并开始与菲律宾安全部队作战以及实施恐怖袭击。2017年5月23日，该组织袭击了马拉维市，持续5个月的马拉维战役爆发。战役结束后，据报道该组织的残余势力在2017年和2018年仍在进行招募活动。
利比亚战争
美国全国广播公司新闻报道称，2014年中期，伊斯兰国在利比亚约有1000名武装分子。他们利用利比亚中部远离的黎波里和班加西等主要城市的权力真空，在接下来的18个月中迅速扩张。当地武装分子与来自北非、中东、欧洲和高加索的圣战分子会合。该组织吸收或击败了利比亚境内的其它伊斯兰组织，位于叙利亚拉卡的ISIL中央领导层开始敦促外国招募人员前往利比亚而非叙利亚。ISIL于2015年初控制了沿海城市苏尔特，随后开始向东和向南扩张。到2016年初，其有效控制了120至150英里的海岸线及部分内陆地区，并抵达了利比亚东部的主要人口中心班加西。2016年春，美国非洲司令部估计ISIL在其据点苏尔特约有5000名武装分子。
然而，那些已在利比亚确立势力范围并将武器对准ISIL的本土反叛组织，憎恨这些想在他们土地上建立原教旨主义政权的外来者。效忠于利比亚新团结政府的民兵组织，以及另一支效忠于前卡扎菲政权军官的敌对武装，对ISIL在苏尔特及周边地区的据点发动了长达数月的攻击。据美国军方估计，ISIL的兵力缩减至几百到2000人之间。2016年8月，美军开始发动空袭，加上利比亚民兵持续的地面压力，将剩余的ISIL武装分子逼回苏尔特。美军无人机和飞机共对ISIL发动了近590次打击，利比亚民兵于12月中旬收复了该市。2017年1月18日，美国广播公司新闻报道，两架美国空军B-2幽灵战略轰炸机袭击了苏尔特以南45公里处的两个ISIL营地，空袭针对多个营地中约80至100名ISIL武装分子，一架无人机也参与了空袭。美国全国广播公司新闻报道称，多达90名ISIL武装分子在空袭中丧生，一名美国国防部官员表示："这是ISIL在利比亚剩余的最大力量"，"他们已被大大边缘化，但我还不敢说他们在利比亚已被彻底消灭。"
美国对喀麦隆的军事干预
2015年10月，应喀麦隆政府邀请，美国开始向喀麦隆部署300名士兵，执行非战斗任务帮助非洲部队打击喀麦隆的伊斯兰国叛乱。他们的主要任务是为当地部队提供情报支持以及侦察飞行。
积极努力行动（地中海反恐巡逻）
积极努力行动是北约于2001年10月为应对"9·11"袭击发起的一项海军行动。该行动在地中海地区展开，旨在防止武装分子或大规模杀伤性武器流动，并全面提升航运安全。
克什米尔冲突
在2002年奥萨马·本·拉登撰写的《致美国人民书》中，他声称与美国作战的原因之一是美国在克什米尔问题上对印度的支持。印度政府称，2006年基地组织宣称已在克什米尔建立分支，这引起了印度政府的担忧。印度还指出，基地组织与巴基斯坦境内的克什米尔武装组织"虔诚军"和"穆罕默德军"关系密切。2010年1月，美国国防部长罗伯特·盖茨访问巴基斯坦时表示，基地组织正试图破坏该地区稳定，并计划挑起印度与巴基斯坦之间的核战争。
2009年9月，据报道美国无人机空袭击毙了伊利亚斯·克什米里。他是与基地组织有关联的克什米尔武装团体"伊斯兰圣战运动"的负责人。布鲁斯·里德尔将克什米里描述为基地组织的"重要"成员，而其他人则认为他是基地组织的军事行动负责人。瓦济里斯坦当时已成为克什米尔武装分子的新战场，他们为支持基地组织而与北约作战。2012年7月8日，以克什米尔为中心的恐怖组织"虔诚军"的分裂派别"巴德尔圣战者组织"在为期两天的烈士大会闭幕时，呼吁动员资源以继续在克什米尔进行圣战。2021年6月，查谟（印度控制的克什米尔地区）的一处空军基地遭到无人机袭击。调查人员尚不确定该袭击是由国家还是非国家行为体发动。
其他大国的反恐行动
作为伊朗—以色列代理人冲突和伊朗—沙特阿拉伯代理人冲突的一部分，以色列和沙特阿拉伯都对伊朗支持的组织发动了反恐战争，沙特阿拉伯对阿拉伯半岛基地组织（AQAP）和伊斯兰国实施打击。虽然以色列没有直接参与2003年入侵伊拉克，但据报道，以色列曾敦促美国不要推迟对萨达姆·侯赛因的攻击；在2003年美国入侵伊拉克之前，以色列情报部门向美国提供了情报。2006年，以色列对黎巴嫩、以色列北部和戈兰高地的真主党发动了为期34天的军事冲突。沙特阿拉伯自2015年3月26日介入也门内战以来，其反恐战争的规模不断扩大。在沙特领导的军事行动之前，阿拉伯半岛基地组织（AQAP）和伊斯兰国都已在也门活动。
哥伦比亚也开展了反恐战争，自2000年代哥伦比亚内战暴力升级以来，游击队和准军事组织的恐怖主义活动一直是该国的主要问题。阿尔瓦罗·乌里韦总统任期内，尤其重视反恐和反叛乱工作。在乔治·W·布什总统任期内，哥伦比亚计划的反恐措施得到进一步扩展，并在九一一事件后，随着全球恐怖主义威胁受到更多关注，国家安全问题也成为重点。
在2010年代，中华人民共和国也开展了反恐战争，这场战争主要针对新疆冲突中维吾尔族分离主义运动的暴力行为，主要在国内进行。这场战争因被认为不公平地针对和迫害中国穆斯林而受到国际媒体的广泛批评，这可能导致中国以穆斯林为主的维吾尔族人口的负面反弹。中共中央总书记习近平政府已将多达200万维吾尔族和其他穆斯林少数民族关押在新疆再教育營中，据报道，他们在那里遭受虐待和酷刑。
俄罗斯也开展了自身的反恐战争，这场战争主要针对国内，包括第二次车臣战争、北高加索叛乱以及俄羅斯在敘利亞內戰的軍事介入。与中国的反恐战争一样，俄罗斯也一直致力于打击分裂主义和伊斯兰主义运动，这些运动利用政治暴力来实现其目标。
国际军事支持
阿富汗战争被视为反恐战争的首场军事行动，美国、英国及阿富汗北方联盟参与初期行动。在初始入侵阶段结束后，澳大利亚、加拿大、丹麦、法国、意大利、荷兰、新西兰、挪威等国相继派遣军队加入战争。截至2006年，驻阿富汗联军总数已达约3.3万人。
2001年9月12日，即纽约和华盛顿遭遇袭击后不到24小时，北约援引《北大西洋公约》第五条，宣布此次袭击视为对全部19个成员国的集体攻击。澳大利亚总理约翰·霍华德发表声明称将依据《太平洋安全保障條約》采取相应行动。
此后数月间，北约推行了涵盖多领域的反恐应对措施。2002年11月22日，欧洲-大西洋伙伴关系理事会（EAPC）成员国共同通过《反恐伙伴关系行动计划》，其中明确宣告："各成员国承诺在打击恐怖主义过程中，致力于保障和促进基本自由与人权，并维护法治原则。"与此同时，北约在地中海启动了"积极努力"海上行动，旨在阻断恐怖分子及大规模杀伤性武器流动，并全面提升航运安全。
2002年末美国明确表态决心入侵伊拉克后，国际社会对美支持度有所降温。但众多"自愿联盟"国家在无条件支持美国军事行动的同时，仍向阿富汗派遣部队，其中尤以邻国巴基斯坦表现突出——该国不仅公开撤销原先对塔利班政权的承认，更向战区派遣数万兵力。巴基斯坦同期还在开伯尔-普什图省展开反叛乱作战（亦称巴基斯坦西北部战争），在美国情报支援下试图清剿盘踞在北部部落区的塔利班武装与基地分子。
美国境内的9/11事件
除了海外军事行动外，9·11事件后，布什政府加大了国内防范力度，以防止未来再次发生类似袭击。负责安全和军事职能的多个政府机构进行了重组。2002年11月，美国国土安全部成立，负责领导和协调武装部队，是自国防部以来美国联邦政府规模最大的重组。
司法部启动了针对部分在美男性非公民的国家安全出入境登记系统，要求他们亲自前往美国移民及归化局进行登记。
2001年10月通过的《美国爱国者法案》大幅放宽了美国执法机构搜查电话、电子邮件通信、医疗、财务和其他记录的限制；放宽了对美国境内外国情报收集的限制；扩大了美国财政部长监管金融交易（特别是涉及外国个人和实体的交易）的权力； 该法案扩大了执法部门和移民当局在拘留和驱逐涉嫌恐怖主义相关行为的移民方面的自由裁量权。该法案还将恐怖主义的定义扩大到包括国内恐怖主义，从而增加了《美国爱国者法案》扩大后的执法权力适用范围。一项新的“恐怖分子融资追踪计划”监控了恐怖分子资金的流动（该计划在被《纽约时报》披露后已停止）。全球电信使用情况，包括与恐怖主义无关的电信使用情况，正通过美国国家安全局的电子监控计划进行收集和监控。《爱国者法案》目前仍然有效。
一些政治利益集团声称，这些法律取消了对政府权力的重要限制，是对公民自由的危险侵犯，可能违反了美国宪法第四修正案。 2003年7月30日，美国公民自由联盟 (ACLU) 对《爱国者法案》第215条提起了第一起法律挑战，声称该条款允许美国联邦调查局侵犯美国宪法第一修正案给予公民的权利、第四修正案权利和正当程序权利，赋予政府在恐怖主义调查中搜查个人商业、书店和图书馆记录的权利，而无需向个人披露正在被搜查的事实。此外，许多社区的管理机构也通过了反对该法案的象征性决议。
2005年6月9日，布什总统在一次演讲中表示，《美国爱国者法案》已被用来对400多名嫌疑人提起诉讼，其中超过一半已被定罪。与此同时，美国公民自由联盟（ACLU）援引司法部的数据称，已有7000人投诉该法案被滥用。
2002年初，美国國防高等研究計劃署（DARPA）启动了“全面信息感知”计划，旨在推广可用于反恐的信息技术。该计划因受到批评而被国会取消拨款。
到2003年，已有12项旨在打击恐怖主义的主要公约和议定书制定完成。这些公约和议定书已被许多国家采纳和批准。这些公约要求各国在非法扣押飞机、核材料的实物保护以及冻结武装网络资产等主要问题上开展合作。
2005年，联合国安理会通过了关于煽动恐怖主义行为和各国遵守国际人权法义务的第1624号决议。虽然这两项决议都要求通过国提交关于反恐活动的年度强制性报告，但美国和以色列均拒绝提交报告。同年，美国国防部和参谋长联席会议主席发布了一份名为《国家反恐战争军事战略计划》的规划文件，该文件内容包括“美国武装部队开展全球反恐战争的全面军事计划……美国国家恐怖袭击事件委员会的调查结果和建议，以及国防部的严格审查”。
2007年1月9日，美国众议院以299票赞成、128票反对通过了一项法案，采纳了“9·11”事件调查委员会的多项建议。该法案于2007年3月13日在美国参议院以60票赞成、38票反对获得通过，并于2007年8月3日由布什总统签署成为法律，即第110-53号公共法。2012年7月，美国参议院通过一项决议，敦促将哈卡尼网络认定为外国恐怖组织。
“9·11”事件后，美国秘密成立了战略影响办公室，旨在协调宣传工作，但该机构在被发现后不久便被关闭。布什政府实施了“美国业务连续性计划”（或称“政府连续性计划”），以确保美国政府在灾难性情况下能够继续运转。
自9/11事件以来，极端分子多次试图袭击美国，其组织程度和技能水平参差不齐。例如，2001年理查德·里德和2009年跨大西洋航班上警惕的乘客分别阻止了他们引爆炸弹的企图。
其它一些恐怖袭击阴谋也曾被联邦机构利用新的法律权力和调查手段挫败，有时还会与外国政府合作。
被挫败的恐怖袭击包括：
- 美國航空63號班機爆炸未遂案
- 企图用飞机撞击洛杉矶联邦银行大厦的计划
- 2003年伊曼·法里斯策划炸毁纽约布鲁克林大桥的阴谋
- 2004年哥伦布购物中心爆炸阴谋
- 2006年西尔斯大厦阴谋
- 2007年迪克斯堡袭击阴谋
- 2007年约翰·F·肯尼迪国际机场袭击阴谋
- 纽约地铁爆炸阴谋和2010年时代广场汽车炸弹未遂袭击
奥巴马政府承诺关闭关塔那摩湾拘押中心（GITMO），增加驻阿富汗美军人数，并承诺从伊拉克撤军。由于国会的反对，奥巴马政府未能关闭关塔那摩监狱，但将其在押人数从242人减少到40人。特朗普总统在其第一任期内签署了一项行政命令，无限期地维持关塔那摩湾拘留营的开放，从而终止了关闭该监狱的努力。在他的第一任期内，只有一名在押人员被转移。拜登政府与奥巴马政府一样，承诺关闭关塔那摩监狱，但同样未能成功，并斥资数百万美元进行了扩建。在拜登执政期间，共有25名在押人员被转移。特朗普总统在其第二任期就职后，签署了一份总统备忘录，开始扩建关塔那摩移民行动中心，以便能够拘留多达3万名移民。
跨国行动
“非常规引渡”
九一一事件后，美国政府启动了一项非法的“非常规引渡”计划，也被称为“非正规引渡”或“强制引渡”。该计划是指政府在获得接收国同意的情况下，绑架并法外移送人员，将他们从一个国家转移到接收国。非常规引渡的目的通常是对被拘留者实施在美国法律环境下难以实施的酷刑，这种做法被称为代理酷刑。自2002年起，美国政府将数百人非法引渡至美国拘留，并将被拘留者运送至美国控制的地点，作为一项包括酷刑在内的大规模审讯计划的一部分。奥巴马政府时期，非常规引渡仍在继续，目标人物被审讯后带到美国受审。
联合国认为，一国绑架他国公民属于危害人类罪。2014年7月，欧洲人权法院谴责波兰政府参与美国中央情报局（CIA）的“非常规引渡”行动，并责令波兰向被绑架、送往波兰境内中情局秘密监狱并遭受酷刑的人员支付赔偿金。
移送至“黑监狱”
2005年，《华盛顿邮报》和人权观察（HRW）披露了美国中央情报局绑架囚犯并将其送往“秘密监狱”的内幕。这些秘密监狱由CIA运营，但美国政府否认其存在。欧洲议会发布了一份报告，指出此类秘密监狱被用于关押在“非常规引渡”行动中被绑架的囚犯。 尽管已知欧盟成员国境内存在一些“黑狱”，但这些拘留中心违反了《欧洲人权公约》和《联合国禁止酷刑公约》，而所有欧盟成员国都必须遵守这两项条约。美国于1994年批准了《联合国禁止酷刑公约》。
据美国广播公司新闻报道，人权观察提及的两个国家中的两处此类设施，在近期有关中央情报局转移被拘留者的报道曝光后已被关闭。几乎所有被拘留者都曾遭受酷刑，这是中央情报局“强化审讯技术”的一部分。尽管这些设施已被关闭，但它们在某些国家的遗留问题仍然存在，并持续影响着国内政治。
批评美国媒体隐瞒报道
包括《华盛顿邮报》在内的美国主流报纸因故意隐瞒有关“黑监狱”位置的文章而受到批评。《华盛顿邮报》为其压制此类新闻的决定辩护称，此类报道“可能使美国政府面临法律挑战，尤其是在外国法庭，并增加其在国内和国际上遭受政治谴责的风险”。然而，根据“公平与准确报道”（FAIR）组织的说法，“非法且不得人心的政府行为可能受到干扰，但这并非值得担忧的后果——这正是美国宪法第一修正案的意义所在……如果连这些监狱的具体位置都不知道，那么‘法律挑战’或‘政治谴责’就很难甚至不可能迫使它们关闭。” FAIR认为，黑狱的持续存在对美国国际声誉造成的损害，比其位置曝光所造成的任何威胁都更加危险。
位于斯塔雷·基耶库蒂的这处建筑群，是苏联时期的一处设施，二战期间曾被德国情报部门使用。它最为人所知的是，它是唯一一所设在苏联境外的俄罗斯情报训练学校。该建筑群在苏联时期的重要地位表明，它很可能就是《华盛顿邮报》记者达娜·普里斯特在2005年11月披露中央情报局秘密监狱网络时，最初被提及但未被点名的设施。
揭露此事的记者提供了他们的消息来源，这些信息和文件于2005年提供给了《华盛顿邮报》。此外，他们还指出，这些“黑狱”的隐蔽性极强：
前欧洲和美国情报官员表示，《华盛顿邮报》最初披露的遍布欧盟的秘密监狱很可能并非永久性场所，因此难以识别和定位。官员们表示，一些人认为的秘密监狱网络，很可能只是美国在需要时临时使用的一系列设施。 临时“黑狱”——用于秘密活动的秘密设施——可能小到只是政府大楼里的一个房间，只有当囚犯被带进来进行短期拘留和审讯时，这个房间才会变成黑狱。
记者们接着解释说，“消息人士称，这样的黑狱必须靠近机场。”这里提到的机场是什奇特诺-希马尼国际机场。
针对这些指控，波兰前情报局长兹比格涅夫·谢米亚特科夫斯基发起了一场媒体攻势，并声称这些指控是“……美国国内围绕谁将接替现任共和党总统乔治·W·布什的政治斗争的一部分”，据德国新闻社报道。
监狱船
人权律师称，美国还被指控运营“监狱船”，用于关押和运送在反恐战争中被捕的人员。 他们声称美国试图隐瞒被拘留者的数量和下落。尽管从未有任何可信的信息证实这些说法，但据称设立监狱船的主要目的是为了防止圣战分子以固定地点为目标，从而避免高价值目标、指挥官、行动负责人等逃脱。
关塔那摩湾拘留营
美国政府于2002年设立了关塔那摩湾拘留营，这是一座位于关塔那摩湾海军基地的美国军事监狱。布什总统宣布，保护战俘的《日内瓦公约》不适用于在阿富汗被捕的塔利班和基地组织成员。由于囚犯未经审判即被无限期拘留，且据称有多名被拘留者遭受酷刑，国际特赦组织认为该营地严重侵犯人权。由于关塔那摩湾军事基地并非美国本土领土，因此美国政府在该地设立了拘留营，使其成为一个“法律黑洞”。关塔那摩的大多数囚犯最终在未被指控任何罪行的情况下获释，并被转移到其他国家。截至2021年7月，仍有40名男子被关押在监狱中，其中近四分之三从未受到刑事指控。他们被称为“永久囚犯”，被无限期拘留。截至2025年，仍有15名被拘留者，其中3人等待转移，9人已被指控或被判犯有战争罪，3人被无限期拘留，既未面临法庭指控，也未被建议释放。
九一一事件以来的重大恐怖袭击和阴谋
在美国发起“反恐战争”后，多个伊斯兰极端组织和极端分子对美国领导的联军发动了袭击，包括一些并未参与战争的西方国家。
基地组织发动的袭击
- 2002年巴厘島爆炸案是由与基地组织有关联的伊斯兰祈祷团所为。
- 2007年4月11日，阿尔及尔发生爆炸案，目标是阿尔及利亚总理办公室和一座警察局，伊斯兰马格里布基地组织声称对此负责。
- 摩洛哥指责基地组织策划了2011年马拉喀什爆炸案，该案的目标是法国公民。然而，基地组织否认参与了此次袭击。
- 迄今为止，尚无人声称对2012年美国驻利比亚班加西领事馆袭击事件负责。伊斯兰马格里布基地组织、亲基地组织的民兵组织以及“同情基地组织”的个人被认为是此次袭击的策划者。袭击发生18小时前，基地组织领导人艾曼·扎瓦希里发布了一段视频，敦促穆斯林袭击利比亚境内的美国目标，以报复基地组织领导人阿布·叶海亚·利比被杀。视频发布和袭击发生的时间恰逢“9·11”恐怖袭击事件11周年纪念日。
- 查理週刊總部槍擊案的枪手自称隶属于阿拉伯半島基地組織。
- 阿拉伯半岛基地组织声称对美国彭薩科拉海軍航空基地槍擊事件负责。
伊斯兰国
- 2013年雷伊漢勒爆炸案，造成52人死亡，140人受伤。
- 2014年渥太華連環槍擊案，受伊斯兰国启发袭击加拿大国会大厦，导致一名加拿大士兵和袭击者死亡。
- 2015年巴黎文森门人质事件，由阿梅迪·库利巴利发动，造成4人死亡，9人受伤。
- 2015年1月27日利比亚科林西亚酒店袭击事件，造成10人死亡。
- 2015年3月20日萨那清真寺爆炸案，造成142人死亡，351人受伤。
- 2015年5月3日，柯蒂斯展演中心槍擊案，导致一名保安人员受伤。
- 2015年11月巴黎袭击案，造成至少137人死亡，至少352名平民受伤。法国随即宣布进入紧急状态，关闭边境，并启动三项应急预案。伊斯兰国声称对此次袭击负责。法国总统弗朗索瓦·奥朗德后来表示，此次袭击是“伊斯兰国在其内部协助下实施的”。
- 2015年圣贝纳迪诺枪击案，两名枪手袭击了该县一座办公楼，造成16人死亡，24人受伤。
- 2016年布鲁塞尔连环爆炸案：两起爆炸袭击，第一起发生在布鲁塞尔机场，第二起发生在马尔河站，共造成35人死亡，300多人受伤。
- 2016年6月12日奥兰多夜店枪击案：一名枪手在佛罗里达州奥兰多市的夜总会开枪，造成50人死亡，53人受伤。这是美国历史上第二严重的枪击案。
- 2024年番红花城市大厅袭击：伊斯兰国呼罗珊省武装分子袭击了俄罗斯克拉斯诺戈尔斯克的一座音乐厅，造成145人死亡，551人受伤。这是自2004年别斯兰人质危机以来，俄罗斯境内发生的最致命的恐怖袭击。
其它伊斯兰极端组织和个人发动的袭击
- 2003年卡萨布兰卡爆炸案由萨拉菲圣战组织实施。
- 2003年伊斯坦布尔爆炸案袭击了英国人和犹太人，土耳其指控74人参与其中，其中包括叙利亚基地组织成员洛艾·萨卡。伊斯兰极端组织“大东方伊斯兰袭击者阵线”声称对此次袭击负责。
- 2004年西班牙馬德里三一一連環爆炸案由摩洛哥裔的贾迈勒·祖加姆和其他五人实施，以反对西班牙参与2003年美国领导的入侵伊拉克战争。
- 2005年7月7日英国伦敦爆炸案的目标是伦敦交通系统，由四名伊斯兰极端分子实施。
- 2009年美国胡德堡枪击案由尼达尔·哈桑实施，他曾与安瓦尔·奥拉基有过联系。美国国防部将此次枪击事件定性为工作场所暴力事件。
- 2007年英国格拉斯哥国际机场袭击事件由比拉尔·阿卜杜拉和卡菲尔·艾哈迈德实施。
- 2012年针对法国士兵和一所犹太学校的图卢兹和蒙托邦枪击案由穆罕默德·梅拉实施。尽管梅拉声称与基地组织有关联，但法国当局否认了任何联系。
- 2023年10月7日针对以色列士兵和平民的袭击由哈马斯及其盟友实施。袭击中，至少有3000枚火箭弹射向以色列，并有车辆、动力滑翔伞和步兵入侵以色列，这是以色列历史上最致命的恐怖袭击，也是21世纪第三致命的恐怖袭击。
据称的恐怖袭击阴谋和未遂袭击
另有报道称，一些恐袭阴谋和计划实施的袭击并未成功。
- 2001年针对美国舊金山—奧克蘭海灣大橋的威胁（未经证实）
- 2004年金融大楼阴谋（美国和英国）
- 2005年7月21日伦敦爆炸案（英国）
- 2006年多伦多恐怖袭击阴谋（加拿大）
- 2006年跨大西洋航機恐怖襲擊陰謀，涉及携带液体炸药登上商用飞机
- 2006年哈德逊河炸弹阴谋（美国）
- 2007年迪克斯堡袭击阴谋（美国）
- 2007年伦敦汽车炸弹袭击（英国）
- 2007年约翰·肯尼迪国际机场袭击阴谋（美国）
- 2009年布朗克斯恐怖袭击阴谋（美国）
- 2009年纽约地铁和英国阴谋（美国和英国）
- 2009年西北航空253号班机爆炸未遂事件（美国）
- 2010年斯德哥尔摩爆炸案（瑞典）
- 2010年时代广场汽车未遂炸弹袭击（美国）
- 2010年货机炸弹阴谋（美国）
- 2010年波特兰汽车炸弹阴谋（美国）
- 2011年曼哈顿恐怖袭击阴谋（美国）
- 2013年加拿大维亚铁路恐怖袭击阴谋（加拿大）
- 2014年大规模斩首阴谋（澳大利亚）
伤亡
到目前为止，由于布什政府将反恐战争定义为包括阿富汗战争、伊拉克战争和其他地方的行动，反恐战争中的死亡人数还没有达成广泛共识。美利坚大学国际关系学教授约书亚·戈尔茨坦表示，全球反恐战争造成的战争死亡人数比过去一个世纪的任何其他十年都要少。
国际防止核战争医生组织、社会责任医生组织和全球生存医生组织在2015年的一份报告中估计，反恐战争造成的伤亡人数在130万至200万之间。布朗大学沃森国际和公共事务研究所“战争成本”项目在2021年9月发布的一份报告中指出，伊拉克、阿富汗和巴基斯坦的反恐战争造成的伤亡总人数在51.8万至54.9万之间。如果将叙利亚、也门和其他国家的战争也计算在内，这一数字将上升至89.7万至92.9万之间。报告估计，死于战争间接影响（例如缺水和疾病）的人数可能更多。他们还估计，在“9·11”事件后，美国参与的阿富汗、巴基斯坦、伊拉克、利比亚、叙利亚、也门、索马里和菲律宾的战争导致超过3800万人流离失所；其中2670万人已返回家园。这场冲突造成的流离失所者是自二十世纪以来除第二次世界大战外最多的。
在2023年的一份报告中，“战争成本”项目估计，由于基础设施、经济、公共服务和环境的破坏，9·11事件后的战区已造成360万至370万人间接死亡，而总死亡人数已达450万至460万人，且仍在上升。该报告将9·11事件后的战区定义为自9·11事件以来美国开展重大反恐行动的冲突地区，除伊拉克、阿富汗和巴基斯坦的战争外，还包括叙利亚、也门、利比亚和索马里内战。该报告采用日内瓦宣言秘书处的计算方法估算了间接死亡人数，该计算方法估计，每有一人直接死于战争，就会有四人死于战争的间接后果。 报告作者斯蒂芬妮·萨维尔指出，在理想情况下，量化死亡总数的最佳方法是研究超额死亡率，或利用受影响国家的实地研究人员。
据估计，截至2023年，已有约7052名美国军事作战人员、超过8100名美国军事承包商以及超过14800名美军和盟军士兵在战争中丧生。
自2001年反恐战争开始以来，叛乱分子死亡总数普遍估计高达数十万人，另有数十万人被俘或逮捕。一些针对区域冲突的估计如下：
伊拉克
2003年至2011年，在伊拉克，约26544名叛乱分子被美国领导的联军和伊拉克安全部队杀害。仅2003年至2007年，就有119752名叛乱分子嫌疑人在伊拉克被捕，据报道，当时有18832名叛乱分子嫌疑人被杀；将这一被捕与被捕的比率与2003年至2011年被杀害的叛乱分子总数相同，相当于大约26500名叛乱分子被杀害，168000名叛乱分子被捕。根据伊拉克基地组织的一份官方声明，截至2006年9月，至少有4000名外国战斗人员（通常估计占伊拉克内战的10-20%）被杀。2011年至2013年伊拉克冲突期间，叛乱分子伤亡人数为916人，另有3504人被捕。
2014年至2017年底，美国政府表示，从2014年到2017年底，超过80000名伊斯兰国叛乱分子在伊拉克和叙利亚被美国及其盟国的空袭杀害。这些袭击大多发生在伊拉克境内。伊拉克安全部队在这段时间内造成的伊斯兰国死亡尚不确定，但可能意义重大。从2013年到2017年底，超过26000名伊拉克武装部队成员在与伊斯兰国的战斗中丧生，伊斯兰国的损失可能也相当大。
伊拉克的总伤亡人数从62570人到1124000人不等：
- 伊拉克尸体计数项目记录了2003年至2020年185044至207979人死亡，其中包括战斗人员在内的288000人死于暴力。
- 据美联社报道，从2003年3月到2009年4月，共有110600人死亡。
- 根据伊拉克家庭健康调查，共有151000人死亡。
- 2007年8月12日至19日进行的民意调查估计，伊拉克战争导致1033000人死于暴力。给出的死亡人数范围为946000至1120000人。一个由大约2000名伊拉克成年人组成的具有全国代表性的样本回答了他们的家庭成员（住在他们的屋顶下）是否因伊拉克战争而丧生。22%的受访者失去了一名或多名家庭成员。ORB报告称，“48%死于枪伤，20%死于汽车炸弹的撞击，9%死于空中轰炸，6%死于事故，6%死于另一次爆炸/军械。”
- 根据《柳叶刀》的第二次死亡率调查，估计伊拉克（655000人，置信区间为95%）、平民和战斗人员的死亡率在392979至942636之间。
- 根据伊拉克尸体统计项目，截至2007年4月28日，大众媒体至少报道了62570名平民死亡。
- 在伊拉克自由行动中，4431名美军死亡（941名非敌对死亡），31994人受伤。截至2020年5月4日，在“黎明行动”中，74名美军士兵死亡（36人非敌对死亡），298人受伤。
阿富汗
阿富汗叛乱分子和恐怖分子的死亡人数很难估计。阿富汗塔利班的损失很可能与阿富汗国民军和警察的损失规模相似；从2001年到2018年底，这一数字约为62000。此外，自2001年以来，基地组织的主要分支和伊斯兰国的阿富汗分支都被认为损失了数千人。
阿富汗的总伤亡人数从10960人到249000人不等：
- 根据2001年至2013年的战争成本项目，16725–19013名平民被杀。
- 根据Marc W.Herold的广泛数据库，在2001年10月7日至2003年6月3日期间，有3100至3600名平民直接死于美国“持久自由军事行动”的轰炸和特种部队的袭击。这一估计只计算“撞击死亡”，即爆炸或枪击后立即发生的死亡，不计算随后因受伤而发生的死亡或美国空袭和入侵间接造成的死亡。
- 在2002年8月发表在《每周标准》杂志上的一篇评论文章中，美国企业研究所的Joshua Muravchik完全通过一个涉及25-93人死亡的事件来质疑Herold教授的研究。他没有提供自己的任何估计。
- 在2002年1月的两项研究中，国防替代方案项目的Carl Conetta估计，到2002年1月中，“至少”有4200-4500名平民死于战争和联军的空袭，既直接是空中轰炸的伤亡，也间接是由此引发的人道主义危机。
- 于2002年1月18日发表的第一份研究报告《持久自由行动：为什么平民轰炸伤亡率更高？》估计，在2001年10月7日至2002年1日的短短三个月内，“至少”有1000至1300名平民在空中轰炸中直接丧生。提交人发现，无法提供一个上限估计来直接估计持久自由行动轰炸行动造成的平民伤亡，他指出，该行动增加了集束炸弹的使用。在这一较低的估计中，只有西方新闻来源被用于硬数字，而阿富汗政府的报告则采用了沉重的“减少因素”，因此他们的估计减少了75%。
- 在2002年1月30日发布的另一项研究《奇怪的胜利：对持久自由行动和阿富汗战争的批判性评估》中，Conetta估计，到2002年1月中，由于战争和联军的空袭，“至少”又有3200多名阿富汗人死于“饥饿、暴露、相关疾病或在逃离战区时受伤”。
- 《洛杉矶时报》对美国、英国和巴基斯坦的报纸和国际通讯社进行的一项评论发现，在2001年10月7日至2002年2月28日的五个月里，这些新闻机构报道了1067至1201起直接平民死亡事件。这项审查排除了美国、英国或巴基斯坦新闻没有报道的阿富汗所有平民死亡，排除了美国和英国新闻报道的497例死亡，但没有具体确定为平民或军人，排除了塔利班报道的754例平民死亡，但未经独立证实。
- 据《卫报》的乔纳森·斯蒂尔称，截至2002年春季，可能有2万至49600人死于入侵。
- 2046名美军士兵死亡（339名非敌对死亡），18201人在行动中受伤。
- 由医生促进社会责任组织、医生促进全球生存组织和国际防止核战争医生组织（IPPNW）共同撰写的一份题为《尸体计数》的报告得出结论，18.5万至24.9万人因阿富汗战争而死亡。
巴基斯坦
截至2011年5月6日，美国无人机袭击造成1467人和2334人死亡。数万人在恐怖袭击中丧生，数百万人流离失所。
据巴基斯坦政府称，2004年至2018年，巴基斯坦西北部的战争导致28900多名武装分子死亡，被捕人数不详。其中大多数是在与巴基斯坦武装部队交战时被杀的。然而，数千人也在美国无人机袭击中丧生。
索马里
索马里已有7000多人伤亡。
据埃塞俄比亚政府称，2006年12月至2009年1月，埃塞俄比亚领导的对索马里的干预导致6000至8000名伊斯兰叛乱分子死亡。肯尼亚国防军声称，在2011年10月至2012年5月的干预行动中，又有700多名叛乱分子丧生。据新美国基金会称，截至2019年7月，美国在索马里的无人机袭击、空袭和特种部队地面突袭造成1220至1366名武装分子死亡。
- 2007年12月，埃尔曼和平与人权组织表示，仅在2007年，该组织就核实了6500名平民死亡，8516人受伤，150万人流离失所。
也门
据包括调查新闻局和新美国基金会在内的多家媒体机构称，截至2019年6月，美国军队（主要通过无人机袭击）在也门击毙了846至1609名恐怖分子（主要是阿拉伯半岛基地组织成员）。阿联酋声称，截至2018年8月，他们已经击毙了1000名与基地组织有联系的武装分子，逮捕了1500人。
菲律宾和北高加索
仅从2014年到2017年，就有1600多名伊斯兰国武装分子（阿布沙耶夫于2014年宣誓效忠伊斯兰国）被菲律宾政府军击毙。 从2009年4月到2019年3月，俄罗斯军队和警察（主要在北高加索）击毙了2329人，逮捕了2744名高加索酋长国和相关组织的叛乱分子。
美国
在“坚定决心行动”期间，截至2020年5月6日，95名士兵在行动中丧生，227人受伤。
自2001年以来，美国退伍军人事务部已诊断出20多万美国退伍军人患有创伤后应激障碍。
文职人员估计总数
根据布朗大学沃森国际和公共事务研究所战争成本项目2021年的一份报告，在阿富汗、巴基斯坦、伊拉克、叙利亚、也门和其他战区的反恐战争中，有363939至387072名平民被杀，并有更多的人间接死亡，包括缺水和疾病等。
成本
这场持续数十年的反恐战争耗资数万亿美元，远远超出最初的预算。
布朗大学沃森研究所的战争成本项目的报告称，2001年至2022年间，反恐战争的行动总成本将达到8万亿美元，此外，未来30年退伍军人医疗保健费用还将高达2.2万亿美元。其中，2.313万亿美元用于阿富汗，2.058万亿美元用于伊拉克和叙利亚，3550亿美元用于其他战区。剩余的1.1万亿美元则由美国国土安全部承担。
据苏凡集团2015年7月的数据，美国政府每天在叙利亚和伊拉克打击“伊斯兰国”的行动中花费940万美元。
2011年3月的一份美国国会报告估计，截至2011财年，战争开支为1.2万亿美元，而到2021年的未来开支（假设驻军人数减少至4.5万人）将达到1.8万亿美元。2011年6月的一份学术报告涵盖了战争开支的其他领域，估计截至2011年战争开支为2.7万亿美元，长期开支（包括利息）为5.4万亿美元。
关于反恐战争的直接支出成本，美国国防部报告称，从2001年到2020年2月，在伊拉克、叙利亚和阿富汗的战争费用为1.547万亿美元。
敌对组织对农业恐怖主义表现出浓厚的兴趣，截至2022年，这仍然是一个持续令人担忧的问题。美国政府正在采取措施，应对农业病原体带来的威胁。国家植物病害诊断网络（NPDN）协调各方力量打击针对美国的农业战。
批评
对反恐战争的批评主要有道德、效率、经济等诸多问题，同时也针对“反恐战争”这一称呼本身，认为用词不当。“反恐战争”的概念一直备受争议，批评者指责参与利用这一概念来实现其长期存在的政治或军事目标，包括消除结构性伊斯兰恐惧症、限制公民自由以及侵犯人权。有人认为，在这种情况下使用“战争”一词并不恰当（如同“毒品战争”一样），因为没有明确的敌人，而且国际恐怖主义不太可能通过军事手段彻底根除。
法蘭西斯·福山，指出“恐怖主义”并非敌人，而是一种策略，称其为“反恐战争”掩盖了反叛乱和国际圣战者之间的区别。雪莉·威廉姆斯认为，美国在伊拉克和阿富汗的军事行动及其带来的附带伤害加剧了民众对西方的仇恨以及恐怖主义威胁。此外，人们还认为美国存在虚伪、媒体煽动，并且外交和安全政策的差异损害了美国的国际声誉。这场战争也因其没有最终目标的持续战争以及将永久暴力正常化为现状而受到谴责。
理查德·杰克逊教授称，俄罗斯、印度、以色列和中国等国借用反恐战争的语言来描述其国内打击叛乱分子和异见人士的行动。他认为，“将国内的叛乱分子和异见人士与全球‘反恐战争’联系起来，既赋予了这些政府镇压叛乱分子和异见人士的自由，使其无需担心国际谴责，而且在某些情况下，还能获得美国的直接军事援助。”
法学教授安东尼·安吉称，“反恐战争”本质上是一个帝国主义项目，违反了国际法和《联合国宪章》。此外，参与反恐战争军事行动的国家还系统性地掩盖了战争罪。英国2023年7月发布的一份公开调查报告显示，2010年至2013年间，英国特种空勤团（SAS）的3个分队参与了至少80名平民的草率处决，而英国特种部队高层对此进行了长达数十年的掩盖。
美国民众对美国政府在阿富汗和伊拉克的军事行动越来越不满。许多美国退伍军人在抗议集会上交回了他们的服役勋章，包括反恐戰爭服役獎章，谴责和反对阿富汗战争和伊拉克战争，许多人谴责这些军事行动是对其它国家的“非法占领”。
美国的一些争议性行动，包括监视、酷刑和非常规引渡，以及导致所谓的恐怖分子和平民死亡的无人机袭击。美国的许多海外行动得到了一些国家的支持，包括参与中央情报局秘密监狱项目的54个国家，以及协助进行无人机袭击的国家。
难民
“战争成本项目”2021年的一项研究估计，美国在九一一事件后参与的反恐战争已造成阿富汗、伊拉克、利比亚、叙利亚、也门、索马里、菲律宾和巴基斯坦共计3800万人流离失所（保守估计），其中1130万人至今仍处于流离失所状态。这使其成为自1900年以来造成难民最多的战争（除第二次世界大战）。“战争成本项目”2023年的另一份报告估计，这些国家的战争共造成450万至460万人死亡，其中包括360万间接死亡和90.6万至93.7万直接死亡。战争成本项目报告并未基于相关国家的详细数据进行估算，而是简单地将统计的90.6万至93.7万暴力死亡人数乘以4，“采用了日内瓦宣言秘书处平均每1例直接死亡对应4例间接死亡的比例。”在《战争成本》项目估计的约92.5万例暴力死亡中，54.2万例为战斗人员，38.7万例为平民。战争成本已使美国财政部支出超过8万亿美元。批评人士指责参战国利用“反恐战争”镇压少数群体或排挤国内反对派，并煽动全球伊斯兰恐惧症，还批评战争对健康和环境造成的负面影响。批评人士断言，在这个语境中，“战争”一词并不合适（就像“毒品战争”一样），因为恐怖主义不是一个可识别的敌人，而且国际恐怖主义不太可能通过军事手段来结束。
参见
- 美国驻卡拉奇总领事馆
- 授权在美国境内使用军事力量打击恐怖活动的法律依据
- 邪恶轴心
- 布什主义
- 恐惧文化
- 美国国土安全史
- 伊朗与国家资助的恐怖主义
- 欧洲的伊斯兰恐怖主义
- 阿富汗战争（2001–2021）军事行动列表
- 核恐怖主义
- 巴基斯坦—美国关系
- 第13769号行政命令
- 第13780号行政命令
- 聚旗效应
- 特别指定全球恐怖分子
- 定点清除
- 美国与国家恐怖主义
- 反恐战争与媒体
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