南斯拉夫內戰，又稱南斯拉夫戰爭（英語：Yugoslav Wars）（1991-2001）是发生在原南斯拉夫社会主义联邦共和国境内的一系列种族冲突、独立战争及武装叛乱。这些冲突导致自1991年中开始的南斯拉夫解体，也由此进程所引发——该国最终分裂为六个与其原加盟共和国对应的独立国家：斯洛文尼亚、克罗地亚、波斯尼亚和黑塞哥维那、黑山、塞尔维亚以及马其顿（现称北马其顿）。南斯拉夫联邦各加盟共和国因民族主义情绪高涨相继宣布独立，而新成立国家内部民族矛盾未能化解最终引发战争。虽然多数冲突通过达成包含国际社会全面承认新国家条款的和平协议而告终，但战争仍造成大量人员伤亡，并对该地区经济造成严重破坏。
| 南斯拉夫內戰 | ||||||||
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| 冷戰（至1991年），南斯拉夫解体，1989年革命，後冷戰時代（自1991年）的一部分 | ||||||||
左上：十日戰爭中斯洛文尼亚警察护送南斯拉夫人民軍战俘返回南斯拉夫军的营地；右上：武科瓦爾戰役中一辆被摧毁的坦克；左下：塞拉耶佛圍城戰役中一辆行驶中的联合国载具；右中：杜布罗夫尼克围城战中塞尔维亚人的反坦克阵地；右下：2010年对斯雷布雷尼察大屠杀中受害者的迁葬。 | ||||||||
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| 参战方 | ||||||||
| 1991–1992： 克罗地亚 斯洛維尼亞 （仅1991年） | 1991–1992： 塞爾維亞克拉伊納共和國 南斯拉夫人民军 （仅1991年） | |||||||
| 1992–1994： 克罗地亚 （至1994年） | 1992–1994： 波士尼亞與赫塞哥維納a | 1992–1994： 南斯拉夫联盟共和国 | ||||||
| 1994–1995： 克罗地亚 北大西洋公约组织 （1995年轰炸） | 1994–1995： 塞族共和國 | |||||||
| 1998–1999： 科索沃解放軍 北大西洋公约组织 （1999年） | 1998–1999： 南斯拉夫联盟共和国 | |||||||
| 指挥官与领导者 | ||||||||
| 米兰·库昌 亞內茲·揚沙 弗拉尼奥·图季曼 阿利雅·伊泽特贝戈维奇 哈辛·塔奇 哈維爾·索拉納 韦斯利·克拉克 | → 斯洛博丹·米洛舍維奇 拉多萬·卡拉季奇 拉特科·姆拉迪奇 米兰·马尔蒂奇 傑利科·拉茲尼亞托維奇 佛伊斯拉夫·塞塞利 | |||||||
| 伤亡与损失 | ||||||||
| 130000—140,000人死亡，四百萬人流离失所 | ||||||||
在南斯拉夫解体的初始阶段，南斯拉夫人民军（JNA）曾试图通过清除各共和国政府中的民族主义分子来维护国家统一。然而该军队日益受到斯洛博丹·米洛舍维奇的影响，其政府以塞尔维亚民族主义意识形态取代了日渐衰弱的共产主义体系。南斯拉夫人民军逐渐失去了斯洛文尼亚人、克罗地亚人、科索沃阿尔巴尼亚人、波斯尼亚克人和马其顿人的支持，最终演变为仅由塞尔维亚人和黑山人组成的武装力量。根据联合国1994年报告，塞族势力并非旨在恢复南斯拉夫，而是企图通过夺取克罗地亚和波黑部分领土建立“大塞尔维亚”。其他领土收复主义运动也与南斯拉夫战争产生关联，例如“大阿尔巴尼亚”（试图合并科索沃，后经国际斡旋放弃）以及“大克罗地亚”（试图吞并黑塞哥维那部分地区，1994年通过《华盛顿协议》放弃）。
南斯拉夫战争常被描述为第二次世界大战后欧洲最致命的武装冲突之一，其显著特征包括系统性战争罪行：种族灭绝、危害人类罪、大屠杀和战争时期的性暴力。波斯尼亚大屠杀是自纳粹德国军事行动以来，欧洲首个被正式定性为种族灭绝的战争事件，主要实施者此后均被以战争罪起诉；为起诉冲突期间所有战犯，联合国在荷兰海牙设立了前南斯拉夫问题国际刑事法庭（ICTY）。根据国际转型正义中心数据，南斯拉夫战争造成约14万人死亡，而人道主义法律中心的统计显示至少13万人伤亡。这场持续十年的冲突还引发了严重的难民危机与人道主义灾难。
名称
南斯拉夫战争还有以下别称：
- "巴尔干战争"
- "前南斯拉夫战争/冲突"
- "南斯拉夫解体/继承战争"
- "第三次巴尔干战争"：英国记者米沙·格伦尼著作标题中曾使用该术语，暗指1912年至1913年发生的两次巴尔干战争。不过，亦有当代历史学者认为第一次世界大战才是前两次巴尔干战争的直接延续，因而将此术语用于指代一战。
- "南斯拉夫内战"、"南斯拉夫国内战争"等表述
背景
南斯拉夫王国于一战后建立，其人口以信奉基督教的南斯拉夫民族为主，同时国内也存在相当规模的穆斯林群体。南斯拉夫各民族间的冲突最初表现为20世纪20年代初围绕君主立宪制的紧张态势，随着1928年克罗地亚政治家斯捷潘·拉迪奇遇刺，塞克两族矛盾在20年代末升级为暴力冲突。至1941年南斯拉夫遭轴心国入侵，轴心国扶持克罗地亚法西斯组织乌斯塔沙（成立于1929年）建立克罗地亚独立国，克罗地亚独立国通过集中营处决及境内系统性大规模暴行，对塞尔维亚人、犹太人和罗姆人实施种族灭绝。
以塞尔维亚人为主的组织切特尼克是由南斯拉夫保皇派及塞尔维亚民族主义运动建立的游击武装，对穆斯林和克罗地亚人实施了大规模暴行，多位学者认定其行为构成种族灭绝；该组织同时支持恢复塞尔维亚君主制并主张建立南斯拉夫联邦。南斯拉夫共產主義者聯盟则吸引塞尔维亚人、克罗地亚人和波斯尼亚人等各族群加入，但其也曾参与大规模屠杀行为。1945年，约瑟普·布罗兹·铁托领导建立了南斯拉夫社会主义联邦共和国（FPRY），其强硬的威权统治有效压制了国内民族主义运动。
铁托于1980年逝世后，南斯拉夫联邦的六个共和国之间的关系日趋恶化。斯洛文尼亚、克罗地亚和科索沃希望获得更高程度的自治权，而塞尔维亚则试图强化联邦中央权力。当各方共识方案显然无法达成时，斯洛文尼亚与克罗地亚开始走向独立。虽然南斯拉夫的紧张局势自1980年代初持续升温，在1989年东欧共产主义阵营瓦解的困局中，南斯拉夫各民族的民族主义情绪持续高涨。至1990年代初，南斯拉夫联邦已失去有效统治能力：联邦主席团由六个共和国、两个自治省及南斯拉夫人民军的代表组成，而南斯拉夫共产党领导层出现分裂。
伏伊伏丁那、科索沃和黑山的代表被替换为塞尔维亚总统斯洛博丹·米洛舍维奇的支持者。塞尔维亚由此获得了南斯拉夫联邦主席团八票中的四票，并能够严重影响联邦的决策，因为其它各共和国均仅有一票。当斯洛文尼亚和克罗地亚主张推行多党制时，米洛舍维奇领导的塞尔维亚却要求实行更加中央集权的联邦体制，并谋求塞尔维亚在其中的主导地位。
在1990年1月召开的南斯拉夫共产主义联盟第十四次代表大会上，以塞尔维亚代表为主导的大会同意废除一党制。然而，塞尔维亚共产主义者联盟主席斯洛博丹·米洛舍维奇运用其影响力，否决并投票驳回了克罗地亚和斯洛文尼亚党代表提出的所有其他提案。此举导致克罗地亚和斯洛文尼亚代表团集体退场，致使南斯拉夫解体，这一象征性事件标志着"兄弟情誼和團結"时代的终结。
1990年进行的南斯拉夫公民调查显示，民族对立情绪在当时仅以小规模形式存在。但与25年前的调查结果相比，塞尔维亚人和黑山人对克罗地亚人及斯洛文尼亚人的民族隔阂显著加剧。
在克罗地亚和斯洛文尼亚于1991年宣布独立后，南斯拉夫联邦政府试图强行阻止国家解体的趋势。南斯拉夫总理安特·马尔科维奇宣称斯洛文尼亚和克罗地亚的独立行为违反南斯拉夫宪法，并表示支持南斯拉夫人民军采取行动以维护国家统一。而斯洛文尼亚（由米兰·库昌和洛伊泽·彼得莱代表）与克罗地亚则主张，此举并非分裂国家，而是依据联邦最初作为各民族自愿联合体成立的原则，实行的联合体解散。南斯拉夫和平會議仲裁委員會于1991年11月裁定，该行为不属于分裂，而是符合第二南斯拉夫宪法规定的分离程序。
根据《1941-1945年巴尔干战争：游击队员》作者斯蒂芬·A·哈特的研究，达尔马提亚作为民族混居地区，在19世纪末20世纪初曾维持着克罗地亚族与塞尔维亚族之间的亲密友好关系。许多早期南斯拉夫统一理念的支持者都来自该地区，例如达尔马提亚克罗地亚人安特·特魯姆比奇。然而到南斯拉夫战争爆发时，达尔马提亚地区的克塞两族友好关系已彻底破裂，当地塞族人开始为自行宣布成立的准国家实体"塞尔维亚克拉伊纳共和国"而战。
尽管南斯拉夫整个社会主义时期的政策看似一以贯之（即主张所有塞尔维亚人应生活在一个国家），但政治学家德扬·古齐纳指出："社会主义塞尔维亚和南斯拉夫的各个分时期所处的不同背景，产生了截然不同的结果（例如有时有利于南斯拉夫，有时则有利于大塞尔维亚）"。他认为塞尔维亚的政策经历了从初期的保守-社会主义取向，转向1980年代末至1990年代排外民族主义的演变。
民族主义崛起的同时，"民族教权主义"也开始抬头。塞尔维亚东正教会参与政治并支持斯洛博丹·米洛舍维奇政权在科索沃、克罗地亚和波黑的军事行动，而克罗地亚天主教会和南斯拉夫伊斯兰共同体则分别为克族和波族的政治目标服务。
在塞尔维亚及塞族控制的领土上，特别是民族主义者与批评塞尔维亚政府及波黑、克罗地亚境内塞族政治实体的反民族主义者之间，爆发了激烈冲突。有报道显示，在南斯拉夫战争期间公开反对民族主义政治氛围的塞族人士曾遭受骚扰、威胁甚至杀害。然而随着米洛舍维奇上台和南斯拉夫战争爆发，塞尔维亚境内形成了众多反战运动。民众多次举行抗议活动反对南斯拉夫人民军的行动，要求就是否宣战进行全民公投，并抵制征兵制度，导致大量逃兵和移民出现。
随着南斯拉夫危机升级，南斯拉夫人民军逐渐被塞尔维亚人控制。据前扎格勒布第五军团指挥官馬丁·斯佩蓋利透露，军队指挥职位中原本有50%由克罗地亚人担任，而数年后战争爆发时，所有关键职位均已由塞尔维亚人掌控。
历史
斯洛維尼亞十日戰爭
首次冲突被称为「十日战争」，由南斯拉夫人民军于1991年6月27日发动，因为斯洛文尼亚于1991年6月25日宣布脱离南斯拉夫联邦。
最初，联邦政府命令南斯拉夫人民军控制斯洛文尼亚境内的边境通道。斯洛文尼亚警察与地方防御部队随即封锁了军营和道路，导致斯洛文尼亚全境出现武装对峙和小规模冲突。在造成数十人伤亡后，这场局部冲突于1991年7月7日通过布里奥尼谈判得以平息，斯洛文尼亚和克罗地亚同意暂停三个月独立进程。南斯拉夫人民军最终在1991年10月26日完全撤出斯洛文尼亚领土。
克罗地亚独立战争（1991年—1995年）
在斯洛文尼亚十日战争爆发前数周，克罗地亚境内的战斗早已打响。当反对克罗地亚独立的境内塞族宣布脱离克罗地亚时，克罗地亚独立战争爆发。
在1990年克罗地亚议会选举中，弗拉尼奥·图季曼当选为首任克罗地亚总统。他推行民族主义政策，并将建立独立的克罗地亚作为首要目标。新政府提出了宪法修正案，恢复了传统的克罗地亚国旗和国徽，并从国名中移除了“社会主义”一词。克罗地亚新政府推行了公开具有民族主义和反塞尔维亚性质的政策，例如废除塞尔维亚语西里尔字母。为了抵制宪法修改，当地塞族政客于1990年8月17日组织了一场关于“塞尔维亚族在克罗地亚的主权与自治”的公投。他们的抵制行动随后升级为一场发生在塞族聚居区（主要是克宁周围）的暴动，即所谓的“原木革命”。
克宁当地警方支持了日益壮大的塞尔维亚叛乱活动，而许多政府雇员——主要是警察部门中指挥职位多由塞尔维亚人担任的警员——因此失业。1990年12月，克罗地亚新宪法获得批准，而塞尔维亚民族委员会随后宣布建立了自称拥有自治权的塞尔维亚人自治区——克拉伊納塞爾維亞自治州。
民族紧张局势持续升级，克罗地亚和塞尔维亚两国的政治宣传更是加剧了这种对立。1991年5月2日，塞尔维亚准军事组织与克罗地亚警方在博罗沃塞洛村爆发武装冲突，这是双方早期交火事件之一。1991年克罗地亚独立公投中，虽然当地塞族普遍抵制投票，但多数参与者支持脱离南斯拉夫独立。同年6月25日，克罗地亚正式宣布独立并终止与南斯拉夫的联邦关系。根据《布里俄尼协议》，该决定设有三个月的暂缓执行期，直至10月8日正式生效。
1991年夏天的武装冲突升级为全面战争，战线主要在寻求分裂的克拉伊纳塞尔维亚自治区周边地区形成。早在独立宣言发布前，南斯拉夫人民军就应塞尔维亚总统斯洛博丹·米洛舍维奇的要求，解除了斯洛文尼亚和克罗地亚地方防御部队的武装。而联合国对南斯拉夫实施的武器禁运令局势进一步恶化。表面上奉行统一意识形态的南斯拉夫人民军，其军官团却主要由塞尔维亚人或黑山人构成（占比达70%），这一结构性问题进一步加剧了矛盾。
因此，南斯拉夫人民军反对克罗地亚独立，并选择支持克罗地亚塞族叛乱分子。这些塞族叛乱分子未受武器禁运影响，因为他们始终得到南斯拉夫人民军的支援和补给。截至1991年7月中旬，南斯拉夫人民军已向克罗地亚调遣约7万兵力。战事迅速升级，最终蔓延至西斯拉沃尼亚、巴尼亚到达尔马提亚之间数百平方公里的广阔区域。
边境地区遭受来自塞尔维亚和黑山境内部队的直接攻击。1991年8月，武科瓦尔战役打响，约1800名克罗地亚士兵在此浴血奋战，成功阻滞了南斯拉夫人民军向斯拉沃尼亚地区的推进。持续近三个月的围攻中，该城遭受地面炮火和空袭的轮番轰炸，至10月底几乎被完全摧毁。同年10月开始的杜布罗夫尼克围城战中，联合国教科文组织世界遗产杜布罗夫尼克遭到炮击。国际媒体当时因过度关注该城建筑遗产，却对大量平民遇难的武科瓦尔毁灭事件报道不足而受到批评。
1991年11月18日，武科瓦尔在弹尽粮绝后陷落。该城被南斯拉夫人民军攻占后不久，即发生了奥夫查拉大屠杀事件。与此同时，克罗地亚塞族武装与来自波斯尼亚和黑塞哥维那的南斯拉夫人民军部队在拉特科·姆拉迪奇.指挥下，共同夺取了克罗地亚中部地区的控制权。
1992年1月，万斯计划在塞尔维亚叛乱分子自行宣布成立的「塞尔维亚克拉伊纳共和国」领土上，为塞族居民设立了联合国控制区（UNPA）。该计划虽终止了大规模军事行动，但克罗地亚城市仍遭受零星炮击，克罗地亚部队也偶有进入联合国保护区，这种情况一直持续到1995年。在此期间，生活在塞族控制区内的克罗地亚族民众遭受深重苦难，大量平民在逃亡或被驱逐过程中遭遇多起屠杀事件，最终导致种族清洗的惨剧。
1995年，随着「闪电行动」和「风暴行动」的结束，克罗地亚境内的战斗终于平息。通过这两次军事行动，克罗地亚成功收复了除与塞尔维亚接壤的东斯拉沃尼亚联合国保护区外的全部领土。
在这两次军事行动期间及结束后，约有15万至20万生活在原「塞尔维亚克拉伊纳共和国」控制区的塞族居民遭到种族清洗，克罗地亚军队还对部分留守平民实施了多项暴行。这使得克罗地亚塞族人成为2022年乌克兰战争之前欧洲最大的难民群体。
未受克罗地亚军事行动影响的「东区」此后由联合国东斯拉沃尼亚、巴兰尼亚和西斯雷姆过渡行政当局接管，并根据《埃尔杜特协议》于1998年重归克罗地亚管辖。
波斯尼亞战争（1992年-1995年）
1992年4月2日，随着波斯尼亚和黑塞哥维那宣布从残余的南斯拉夫联邦独立，一场冲突席卷该国。这场战争本质上是波斯尼亚人（主张维护新独立共和国领土完整）与塞族、克族势力之间的领土争夺——由塞尔维亚支持的波黑塞族自治区「塞族共和国」和由克罗地亚支持的克族自治区「黑塞哥-波斯尼亚克罗地亚共和国」以分裂波黑为目标。1992年12月18日，联合国大会通过第47/121号决议，谴责塞尔维亚和黑山武装力量试图通过武力夺取更多领土的行径。
南斯拉夫人民军已演变为以塞族为主导的武装力量。这支军队反对波黑多数族裔主导的政府推行独立议程，并联合其他塞族民族主义武装势力，试图阻挠波黑民众参与1992年的独立公投。他们未能成功说服民众放弃投票，反而通过制造恐吓氛围加之塞族对投票的抵制，最终导致公投以99%的压倒性票数支持独立。
1992年6月19日，波黑战争全面爆发，而实际上自波黑宣布独立后，萨拉热窝围城战早在当年4月就已拉开序幕。这场冲突以长达数年的萨拉热窝围城和斯雷布雷尼察大屠杀为典型特征，成为南斯拉夫内战中最血腥、最受国际社会关注的战争。由极端民族主义者拉多万·卡拉季奇领导的波黑塞族势力，宣称要将波黑境内的所有塞族聚居区从波什尼亚克族主导的政府中脱离。为实现塞族聚居区与声称拥有主权的领土之间的连贯性，卡拉季奇推行系统性的种族清洗计划，主要针对波什尼亚克人实施屠杀与强制迁移。期间发生了普里耶多尔种族清洗、维舍格勒大屠杀、福查种族清洗、多博伊大屠杀、兹沃尔尼克大屠杀、戈拉日代围城战等多起暴行。
1992年底，波斯尼亚克罗地亚族与波斯尼亚族之间的关系日趋紧张，双方合作破裂。1993年1月，这两个曾经的盟友爆发公开冲突，引发了克族-波族战争。1994年，美国通过《华盛顿协议》斡旋达成克罗地亚军队与波斯尼亚和黑塞哥维那共和国军之间的和平。在成功的「闪电行动」与「风暴行动」之后，克罗地亚军队与波黑境内的波斯尼亚-克族联军于1995年9月发动代号为「米斯特拉尔」的作战行动，旨在收复波斯尼亚塞族军队占领的领土。
战场上的推进以及北约的慎重武力行动迫使波斯尼亚塞族回到谈判桌。各方均受到压力，要求遵守停火协议并通过谈判结束波黑战争。战争随着1995年12月14日《代顿协议》的签署而告终，协议规定塞族共和国作为波斯尼亚和黑塞哥维那境内的一个政治实体存在。除结束战争外，《代顿协议》还确立了《波斯尼亚和黑塞哥维那宪法》。该宪法具有协商民主性质，将波什尼亚克族、克罗地亚族和塞尔维亚族并列为「组成民族」，赋予每个族群在政府中广泛的自治权。2000年，波黑宪法法院要求波黑联邦和塞族共和国必须承认所有「组成民族」在全国范围内享有完全平等权利。同样，宪法第十条规定第二条所定义的权利和自由不得被修改。此类条款在宪法中随处可见，旨在消除不同民族间的不信任感，维持持久稳定。
美国中央情报局（CIA）于1995年4月（斯雷布雷尼察大屠杀发生前三个月）报告称，截至当时南斯拉夫战争中近90%的暴行是由塞尔维亚武装分子实施的。其中大部分暴行发生在波斯尼亚境内。
科索沃动乱
1990年9月，1974年颁布的《南斯拉夫宪法》遭塞尔维亚社会主义共和国单方面废除后，科索沃的自治权受到削弱，该地区由此陷入国家主导的压迫：自1990年代初起，阿尔巴尼亚语广播和电视受到限制，报社被迫关闭。大量科索沃阿尔巴尼亚人被从公共企业和机构（包括银行、医院、邮局和学校）解雇。1991年6月，普里什蒂纳大学理事会及多个院系委员会遭解散，由塞尔维亚人接管。同年9月新学年开始时，科索沃阿尔巴尼亚裔教师被禁止进入校园，导致学生只能在家学习。
对阿尔巴尼亚族人的打压导致紧张局势升级，引发了被称为「战前时期」的骚乱与暴力冲突。在此期间，科索沃解放军（KLA）宣告成立。整个1990年代初期，塞尔维亚安全部队和情报官员屡遭袭击，这些行动是对阿族平民遭受迫害和谋杀的反击，期间也有塞尔维亚平民遇害。科索沃解放军试图促使美国和北约介入。到1995年，塞尔维亚巡逻队多次遭遇伏击，警员遇害，其中至少一起事件被指由科索沃解放军实施。该组织直到次年才公开承认对这些袭击事件负责。
最初仅由数百名阿尔巴尼亚族武装人员组成的科索沃解放军，在1996年至1997年间袭击了多处警察局并致伤多名警员。1996年2月，该组织对警察局及南斯拉夫政府雇员发动系列袭击，声称南斯拉夫当局作为种族清洗行动的一部分杀害了阿尔巴尼亚族平民。同年4月22日，科索沃多地几乎同时发生了四起针对塞尔维亚安全人员的袭击事件。
1997年1月，塞尔维亚安全部队在普里什蒂纳与米特罗维察之间的公路伏击中击毙了科索沃解放军指挥官扎希尔·帕亚齐蒂及其他两名领导人，并逮捕了100多名阿族武装人员。作为科索沃解放军的创始人和领导人之一，阿德姆·亚沙里于同年7月11日被南斯拉夫法院以恐怖主义罪名缺席审判定罪。人权观察此后指出，此次审判（另有14名科索沃阿族人同时被定罪）「未能符合国际标准」。
北约北大西洋理事会指称科索沃解放军是「暴力事件的主要挑起者」，并称其「发动了看似蓄意的挑衅行动」。1998年1月22日，塞尔维亚部队为追缉杀害塞族警察的亚沙里，再次袭击了普雷卡兹的亚沙里家族宅院。在1991年至1997年间（主要集中在1996-97年），科索沃解放军共造成39人死亡。1996年至1998年2月期间的袭击事件导致10名警察和24名平民丧生。
科索沃战争
1998年10月15日，在北约协调下，科索沃解放军与南联盟签署停火协议，但双方于两个月后违反协议致使战火重燃。1999年1月，当45名科索沃阿族人在拉察克屠杀中遇害的消息曝光后，北约认定唯有部署军事维和部队以强制约束双方才能解决冲突。南联盟拒绝签署《朗布依埃协议》——该协议除其他条款外，还要求允许3万名北约维和部队进驻科索沃；北约军队在南联盟领土享有无条件通行权；北约及其人员不受南联盟法律管辖；并有权无偿使用当地公路、港口、铁路及机场，可无偿征用公共设施。北约遂以此为理由，准备通过武力强行部署维和部队，并借此为后续轰炸行动正名。
随后北约对南联盟发动了空袭，在韦斯利·克拉克将军的指挥下，以大规模轰炸为主要作战方式对塞尔维亚部队实施了军事干预。两个半月后，《库马诺沃协定》的签署宣告敌对行动结束。科索沃交由联合国科索沃临时行政当局特派团（UNMIK）实施行政管理，并由北约驻科索沃维和部队（KFOR）提供军事保护。这场持续15个月的战争造成双方数千名平民丧生，逾百万人流离失所。
普雷舍沃山谷武装冲突
普雷舍沃山谷武装冲突是南联盟与普雷舍沃、梅德韦贾和布亚诺瓦茨解放军（UÇPMB）阿族武装分子之间爆发的军事对抗，始于1999年6月。冲突期间，南联盟政府曾多次请求科索沃部队（KFOR）协助镇压UÇPMB的袭击——根据《库马诺沃协定》设立的缓冲区规定，南联盟只能动用轻武装部队，致使主力部队无法进入该区域。南联盟总统沃伊斯拉夫·科什图尼察警告称，若KFOR不采取行动阻止UÇPMB的袭击，新一轮战斗将不可避免。
2001年马其顿武装冲突
马其顿共和国武装冲突始于2001年1月底，当时阿族武装组织阿尔巴尼亚民族解放军在该国西北部地区开始袭击马其顿安全部队，最终于同年8月以签署《奥赫里德协议》告终。这场冲突的核心诉求是阿族武装力量试图为占马其顿总人口25.2%的阿族争取更多权利和自治地位（在泰托沃市，阿族比例达54.7%）。尽管有观点认为该组织最终目标是推动阿族占多数的地区脱离国家，但民族解放军高层官员对此予以否认。
武器禁运
联合国安理会于1991年9月对南斯拉夫实施武器禁运，然而多个国家仍持续参与或为交战各方提供军火交易便利。2012年，智利法院判决包括两名退役将军在内的九人参与非法武器销售罪。
战争罪
种族灭绝
国际社会普遍认为，波斯尼亚和黑塞哥维那境内对波斯尼亚穆斯林的屠杀已升级为种族灭绝。1992年12月18日，联合国大会通过第47/121号决议，谴责"塞尔维亚和黑山武装力量为通过武力夺取更多领土而采取的侵略行径"，并称此类种族清洗行为"构成一种形式的种族灭绝"。
人权观察在1993年1月1日发布的报告中警告称：「暴力行为的规模及其针对特定民族和宗教的选择性特征表明，波斯尼亚和黑塞哥维那境内针对穆斯林群体（以及程度稍轻的克罗地亚群体）的罪行具有种族灭绝性质」。该组织是最早发出此类警告的民权组织之一。
美国驻克罗地亚大使彼得·加拉格尔于1994年2月8日发往白宫的电报指出，种族灭绝正在发生，并列举了以下证据：卡拉季奇领导的南斯拉夫人民军对萨拉热窝进行的「持续无差别炮击和枪击」；波斯尼亚北部少数民族群体「被迫迁离」的遭遇；以及被拘留者「被强制在前线从事危险工作」的事实。2005年，美国国会通过决议，认定「塞尔维亚的侵略政策和种族清洗行为符合种族灭绝的定义标准」。
国际法院于2007年2月26日作出裁决，虽然澄清了塞尔维亚对斯雷布雷尼察地区塞族共和国军队实施的种族灭绝行为不承担直接责任，但判定塞尔维亚未能阻止斯雷布雷尼察的塞族共和国实施种族灭绝，也未能追究责任者并将其绳之以法。该审判源于波斯尼亚和黑塞哥维那于1993年对塞尔维亚和黑山提出的种族灭绝指控。
波斯尼亚和黑塞哥维那多个地区的塞族武装同时实施了战争罪行，特别是在比耶利纳、萨拉热窝、普里耶多尔、兹沃尔尼克、维舍格勒和福恰等地。但法官裁定，仅1995年斯雷布雷尼察大屠杀符合「具有毁灭波族穆斯林特定意图」的种族灭绝罪构成要件。法院认定，1992-1995年战争期间在斯雷布雷尼察以外地区发生的其他暴行，根据国际法可能构成危害人类罪，但这些行为本身不构成种族灭绝。
斯雷布雷尼察安全区发生的种族灭绝罪行已通过前南斯拉夫问题国际刑事法庭的多项判决得到确认，其中最具标志性的是对波黑塞族领导人拉多万·卡拉季奇的有罪判决。
种族清洗
在克罗地亚、科索沃和波黑战争期间，种族清洗已成为普遍现象。这一过程通常包含恐吓、强制驱逐或屠杀目标族群，同时摧毁该族群的宗教场所、墓地及历史文化建筑，旨在通过改变地区人口构成使另一族群成为主体民族。此类体现领土民族主义与领土收复主义的行为，正是构建族群民族主义国家目标的组成部分。而奥马尔斯卡和特尔诺波列等拘留营，也被认定为当局整体种族清洗战略的重要环节。
根据前南斯拉夫问题国际刑事法庭的多项判决和起诉书，塞族与克族武装力量在其政治领导层策划下，对各自控制区实施了种族清洗，旨在建立种族纯化国家（塞族方面试图建立塞族共和国和塞尔维亚克拉伊纳共和国；克族方面试图建立黑塞哥-波斯尼亚克罗地亚共和国）。
根据前南斯拉夫问题国际刑事法庭（ICTY）的认定，克拉伊纳塞族自治区（SAO Krajina）的塞族武装在1991至1992年间驱逐了至少8万至10万克罗地亚人及其他非塞族平民。该地区被驱逐的克罗地亚人及非塞族居民总数，不同来源统计在17万人（ICTY数据）至25万人（人权观察数据）之间。塞族控制的塞尔维亚克拉伊纳共和国境内的克罗地亚人口从1991年的203,656人（占总人口37%）骤降至1995年初的约4000人。
另据记录，1999年至少有70万至86.3万阿尔巴尼亚族人在科索沃被强制驱逐。截至1999年6月，科索沃超过80%的总人口被迫流离失所。在波斯尼亚和黑塞哥维那，塞族武装还迫使数十万穆斯林离开家园，有估算显示至少70万波斯尼亚穆斯林被逐出塞族控制区。联合国1994年报告亦指出，克罗地亚武装在东西斯拉沃尼亚和部分克拉伊纳地区对塞族实施了规模相对有限、人数较少的种族清洗行动。
战时性暴力与强奸
战时强奸作为官方命令的一部分，是种族清洗的暴行手段，旨在驱逐目标族群。据特雷什涅夫卡妇女团体披露，超过3.5万名妇女和儿童曾被关押在塞族设立的“强奸集中营”中。在福恰大屠杀期间，德拉戈柳布·库纳拉茨、拉多米尔·科瓦奇和佐兰·武科维奇因犯下强奸、酷刑和奴役等危害人类罪被定罪。
波斯尼亚和黑塞哥维那境内大规模强奸的确凿证据，促使前南刑庭开始公开审理此类暴行。有报告显示，在波黑战争（1992-1995年）和科索沃战争（1998-1999年）期间，塞尔维亚正规军与非正规部队实施的性暴力行为「尤其令人震惊」。由北约领导的科索沃部队记录表明，阿尔巴尼亚族、罗姆族及塞尔维亚族妇女均曾遭受塞族武装与科索沃解放军成员的强奸。
另有估算表明，在波黑战争期间约有2万至5万名女性（主要为波什尼亚克族）遭受性侵。而同一族群成员之间的强奸和性侵案件记录则较为罕见。
前南斯拉夫战争中的战争强奸常被定性为危害人类罪。塞族武装实施的强奸行为旨在摧毁受害者与其族群间存在的文化与社会纽带。据指控，塞尔维亚政策曾鼓动士兵持续强奸波什尼亚克族女性直至其怀孕，以此实现种族清洗的目的——通过反复性暴力迫使受害者怀上塞族后代。许多波什尼亚克女性被长期羁押，往往在遭强奸受孕临近分娩时才获释。这种系统性强奸带来的影响远超对受害者的直接伤害：强奸创伤造成的应激反应，加上流离失所者普遍缺乏生殖医疗保障，导致受害女性面临严重的健康风险。
在科索沃战争期间，数千名科索沃阿尔巴尼亚族妇女和女童成为性暴力的受害者。战争强奸被用作战争武器，同时也成为系统性种族清洗的工具——通过性暴力恐吓平民、向家庭勒索钱财，并迫使人们逃离家园。根据人权观察组织2000年的报告，科索沃战争中的强奸案件可大致分为三类：在女性家中实施的强奸、在逃亡过程中实施的强奸以及在拘留期间实施的强奸。
施暴者多数为塞尔维亚准军事组织成员，也包括塞尔维亚特别警察或南联盟军队士兵。人权观察记录到的性侵案件几乎全部涉及至少两名施暴者参与的轮奸。战争结束后的记录显示，也存在阿尔巴尼亚族武装（有时是科索沃解放军成员）对塞族、阿族和罗姆族妇女的强奸案件，但未达到同等规模。多数强奸事件发生在军官在场并默许的情况下，士兵、警察和准军事人员常在众目睽睽之下对受害者实施性暴力。
联合国开发计划署2013年在克罗地亚发布的报告《克罗地亚家园战争期间性暴力受害者数量评估及受害者赔偿与支持最优方案研究》表明，冲突双方遭受强奸及其它形式性侵犯的受害者（含男女）总数估计在1,470至2,205人之间（另一统计口径为1,501至2,437人）。多数受害者是遭受塞族人员侵犯的非塞族人群。按地区划分，东斯拉沃尼亚发生的强奸和性暴力案件数量最多，估计有380至570名受害者。报告显示，在塞族运营的拘留营和监狱（包括塞尔维亚本土设施）中，300至600名男性（占被囚禁者的4.4%-6.6%）以及279至466名女性（占被囚禁者的30%-50%）遭受过不同形式的性虐待。1991至1995年间，在塞族控制区（非拘留营环境）有412至611名克罗地亚族妇女遭受强奸。克罗地亚武装在「闪电行动」和「风暴作战」期间也对塞族妇女实施了强奸和性暴力，受害者估计达94至140人。在克罗地亚运营的洛拉和克雷斯蒂内茨拘留营中也发生过针对塞族囚犯的性虐待事件。
人道主义后果与物质损失
人员伤亡
据估计，南斯拉夫战争造成的死亡人数达14万人。人道主义法律中心评估，在前南斯拉夫加盟共和国的冲突中至少有13万人丧生。平民死亡率在52%至56%之间，即72,716名平民。斯洛文尼亚的军事行动持续时间较短，因而避免了更高伤亡，其十日战争中约有70人丧生。克罗地亚战争造成约2.2万人死亡，其中克罗地亚人1.5万，塞尔维亚人7千。
波黑承受了最惨重的战争代价：该战争导致97,207至102,622人丧生，其中包括64,036名波什尼亚克人、24,905名塞尔维亚人和7,788名克罗地亚人。按比例计算，遇难者中65%为波什尼亚克人，25%为塞尔维亚人，8%为克罗地亚人。在科索沃冲突中，共有13,535人丧生，其中包括10,812名阿尔巴尼亚人（占80%）和2,197名塞尔维亚人（占16%）。死亡人数最惨重的是萨拉热窝：围城期间约14,000人遇难，这座城市的死亡人数几乎相当于整个科索沃战争的死亡总数。
无论从相对数量还是绝对数量来看，波什尼亚克族承受的损失最为惨重：在波黑境内有64,036名该族民众丧生，占其民族总人口的3%以上。其中33,070名为波什尼亚克族平民（52%），30,966名为士兵（48%）。他们在斯雷布雷尼察大屠杀中遭遇了最残酷的迫害——1995年7月期间，当地波什尼亚克族男性（不论年龄或平民身份）的死亡率高达33%。在波黑战争期间所有平民遇难者中，波什尼亚克族占比约83%，而在东波斯尼亚地区这一比例更是升至近95%。
在克罗地亚战争期间，克方死亡人员中有43.4%为平民。
境内流离失所者和难民
南斯拉夫战争引发了欧洲历史上最严重的难民潮之一。据估计，克罗地亚、波黑和科索沃的冲突共造成约240万难民，另有200万国内流离失所者。
波黑战争导致220万人沦为难民或流离失所者，其中超过半数为波什尼亚克族。截至2001年，仍有65万波什尼亚克人处于流离失所状态，另有20万人永久离开了祖国。
科索沃战争导致862,979名阿尔巴尼亚族难民，他们或被塞族部队驱逐，或因战火逃离前线。此外还有50万至60万国内流离失所者，这意味着根据欧安组织数据，截至1999年6月，科索沃近90%的阿尔巴尼亚族人被迫逃离家园。战争结束后，阿尔巴尼亚族难民陆续返乡，但超过20万塞尔维亚族、罗姆族及其他非阿族民众被迫离开科索沃。至2000年底，塞尔维亚因此接收了70万来自科索沃、克罗地亚和波黑的塞族难民或境内流离失所者。
从收容境内流离失所者和难民的角度来看，克罗地亚承受了这场危机的主要冲击。据相关资料显示，1992年克罗地亚收容了近75万难民或流离失所者，占其470万总人口的近16%：这一数字包括42万至45万波黑难民、3.5万来自塞尔维亚（主要来自伏伊伏丁那和科索沃）的难民，另有26.5万来自克罗地亚其他地区的境内流离失所者。这一难民负担比例相当于德国要收容1000万流离失所者，或法国需接纳800万人。
联合国难民署官方数据显示，1993年克罗地亚收容了28.7万难民和34.4万境内流离失所者，相当于每千名居民承担64.7名难民的比例。在其1992年报告中，难民署将克罗地亚列为全球50个难民负担最重国家中的第7位：登记难民31.6万人，难民与总人口比例达15:1。若计入境内流离失所者，1992年克罗地亚至少需为64.8万人提供安置保障。作为对比，1999年马其顿每千名居民仅需承担10.5名难民。
1993年斯洛文尼亚收容了4.5万名难民，相当于每千名居民承担22.7名难民。塞尔维亚和黑山同年收容了479,111名难民，每千名居民承担45.5名难民。截至1998年，难民数量增至502,037人（即每千居民47.7名难民）。到2000年，难民人数下降至484,391人，但境内流离失所者增至267,500人，合计共有751,891人需要安置救助。
| 国家和地区 | 阿尔巴尼亚族 | 波斯尼亚族 | 克罗地亚族 | 塞尔维亚族 | 其它 (戈拉尼族, 匈牙利族, 罗姆族) |
|---|---|---|---|---|---|
| 克罗地亚 | — | — | 247,000 | 300,000 | — |
| 波斯尼亚和黑塞哥维那 | — | 1,270,000 | 490,000 | 540,000 | — |
| 科索沃 | 1,200,000–1,450,000 | — | 35,000–40,000 | 143,000 | 67,000 |
| 伏伊伏丁那、桑贾克 | — | 30,000–40,000 | – | 60,000 | |
| 总计 | ~1,200,000–1,450,000 | ~1,300,000–1,310,000 | ~772,000–777,000 | ~983,000 | ~127,000 |
损失
这场冲突造成的物质和经济损失是灾难性的。波黑战前国内生产总值约为80-90亿美元。政府估计战争总损失达500-700亿美元，战后国内生产总值下降了75%。全国60%的住房遭到损坏或摧毁，这给难民返乡工作带来了巨大困难。波黑还成为欧洲受地雷污染最严重的国家：1820平方公里领土（占国土面积的3.6%）散布着300-600万枚地雷，已造成5000人死亡，其中1520人是在战后触雷身亡的。
1999年，克罗地亚议会通过法案，评估该国战争损失达370亿美元。政府指控在1991年至1993年4月期间，塞尔维亚克拉伊纳共和国和南斯拉夫人民军的炮击导致克罗地亚约21万栋建筑（包括学校、医院和难民营）遭受损毁。受炮击影响的城市包括卡尔洛瓦茨、戈斯皮奇、奥古林、扎达尔、比奧格勒納莫魯等。克罗地亚政府也承认，截至1992年底，有7489栋属于克罗地亚塞族的建筑因爆炸、纵火或其他蓄意行为遭破坏，1993年1月至3月期间另有220栋建筑受损。司法机关已对126名涉嫌此类行为的克罗地亚人提起刑事诉讼。
对南斯拉夫联盟共和国的制裁导致南斯拉夫第纳尔出现恶性通货膨胀。至1995年，近100万工人失业，国内生产总值较1989年下降55%。北约轰炸南斯拉夫造成进一步破坏，其中最为严重的是潘切沃石化厂被炸，导致8万吨燃烧的石油制品泄漏至环境中，北约在轰炸中还使用了约3.1万枚贫铀弹。
国际战争罪审判：前南斯拉夫问题国际刑事法庭/国际刑事法庭余留机制
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