芽枝霉門（學名：Blastocladiomycota）是真菌界的一門，生存於土壤及淡水之中，且絕大部份為腐生。
| 芽枝霉門 | |
|---|---|
| Allomyces sp. sporophyte 的 Zoosporangia | |
| 科学分类 | |
| 界： | 真菌界 Fungi |
| 门： | 芽枝黴門 Blastocladiomycota |
| 纲： | 芽枝黴綱 Blastocladiomycetes |
| 目： | 芽枝黴目 Blastocladiales |
| 屬 | |
| |
芽枝霉門有一纲、一目、五科。其中的三科中，有些物種為病原體，會感染水熊蟲、水蚤、線蟲、多種水生和半水生的植物以及孑孓等生物。
芽枝霉門原本歸於壺菌門之中，但2006年對DNA序列的研究將其和其姐妹群——新美鞭菌門提升為門。
下属分类
本门包括以下纲：
- 芽枝霉纲 Blastocladiomycetes
- 纲、目、科的地位未定的属：
- Retesporangicus
外部連結
- 醫學主題詞表（MeSH）：Blastocladiomycota
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