第二次段祺瑞內閣成立於民國6年（1917年）7月17日，結束於同年11月22日。
張勳復辟被段祺瑞的討逆軍擊敗之後，段祺瑞重新出任國務總理；而大總統黎元洪則通電不復任大總統，由副總統馮國璋代理大總統職務。
此時西南各省對於段祺瑞已經十分不滿，段祺瑞主張「武力統一」中國，對湖南（護法軍政府）和四川（西南軍閥）積極用兵，也乘機擴大皖系的勢力。而馮國璋則主張「和平統一」。兩人對此的分歧越來越大，出現「第二次府院之爭」。
段祺瑞的出兵在四川、湖南都遭遇失敗。1917年11月14日，陸軍第八師師長王汝賢、第二十師師長范國璋通電要求停戰議和，湖南督軍傅良佐便與省長周肇祥等數人逃離長沙，不久長沙被護法軍佔領。11月18日直系的曹錕、李純、王占元、陳光遠四名督軍又通電主和，段祺瑞只得在11月19日辭去陸軍總長職務，由王士珍繼任。11月22日，段祺瑞又辭去國務總理，由外交總長汪大燮代理。
內閣成員
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