淡色藻门（学名：Ochrophyta）是不等鞭毛类的一大部分光合生物。它被分为两个亚门——Phaeista（包括Hypogyristea及Chrysista）和Khakista（包括Bolidomonas及硅藻纲）。 Chrysoparadoxophyceae綱在兩個亞門以外；還有另外一堆被綜合為Subphylum Ochrophyta incertae sedis這個臨時名稱的亞門級分類單元。
| 淡色藻门 | |
|---|---|
| 科学分类 | |
| 界： | 色藻界 Chromista |
| 亚界： | HAR 生物亞界 Harosa |
| 下界： | 不等鞭毛下界 Heterokonta |
| 门： | 淡色藻门 Ochrophyta Cavalier-Smith, 1995 |
Placidiophyceae纲這個名稱已不再使用，因為其成員在現時的分類已不再屬於淡色藻門，但仍然是不等鞭毛類的一份子。
纲
- 矽藻綱 Bacillariophyceae
- 迅游藻纲 Bolidophyceae
- Chrysomerophyceae
- 金藻綱 Chrysophyceae
- Dictyochophyceae
- 大眼藻纲 Eustigmatophyceae
- 褐藻纲 Phaeophyceae
- Phaeothamniophyceae
- Picophagea
- Pinguiophyceae
- 针胞藻纲 Raphidophyceae
- Synchromophyceae
- 黃藻綱 Xanthophyceae
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