內屬蒙古，指清代不設世襲札薩克，直接任命官員治理的蒙古各旗，這些多是曾經反抗清朝統治的部落，包括察哈爾、歸化城土默特、唐努烏梁海、阿爾泰烏梁海等部，與外藩蒙古相對。內屬蒙古各旗以副都統（梅勒章京）、散秩大臣（苏拉昂邦）或總管等為旗長，其下有參領、佐領、驍騎校、護軍校、前鋒校等官吏。旗長為副都統者，稱“副都統旗”；為散秩大臣者，稱“散秩大臣旗”；為總管者，稱“總管旗”。各旗隸屬於將軍、都統、駐劄大臣或行省，亦歸理藩院旗籍清吏司、典屬清吏司監管。
內屬蒙古各旗
察哈尔都统所屬八旗察哈爾
- 鑲黃旗察哈爾
- 正黃旗察哈爾
- 鑲紅旗察哈爾
- 正紅旗察哈爾
- 鑲白旗察哈爾
- 正白旗察哈爾
- 鑲藍旗察哈爾
- 正藍旗察哈爾
熱河都統所屬
- 熱河額魯特（大部回迁昭苏为额鲁特营左翼，仅百余人留热河行宫当差）
綏遠城將軍
- 歸化城土默特（乾隆年间起原左翼旗、右翼旗合二为一）
黑龍江將軍所屬
烏里雅蘇臺將軍所屬
- 唐努烏梁海五旗及二十五佐領
- 唐努旗
- 薩拉吉克旗
- 托錦旗
- 庫布蘇庫勒諾爾旗
- 奇木奇克河旗
科布多參贊大臣所屬
- 明阿特旗
- 札哈沁總管旗
- 札哈沁公旗
- 額魯特總管旗
- 阿爾泰烏梁海七旗
- 阿爾泰淖爾烏梁海二旗
駐藏大臣所屬
- 達木八旗
伊犁將軍所屬
- 伊犁察哈爾八旗
- 伊犁額魯特營（安插到当地察哈尔八旗内）
塔爾巴哈臺參贊大臣所屬
- 塔爾巴哈臺額魯特十佐領（分左右两翼，亦由伊犁将军统领）
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